黄篇
小智在月见山冻结
在小智成为冠军两年后，他接到了来自四天王希巴的挑战书，前往月见山接受挑战。在对战中，希巴停下来让几只地鼠和三地鼠通过，菊子乘机用她的能力控制了希巴，使他无法继续战斗。然后，科拿和菊子在小智面前现身，向小智坦白她们的目的，一是他们想要有关坂木的信息，来为菊子从西尔佛公司的废墟中找到的利用徽章进行能力增幅的机器注入地面属性的能量；二是测试小智的能力，看小智有没有资格像她们成为为了宝可梦能毁灭人性的同党。小智当面拒绝后，就被科拿冻成了冰块，在这之后的数月里，大家都认为小智失踪了。只有皮卡逃脱，跑回大木研究所，并加入小黄的同行宝可梦中帮助小黄寻找小智。
被冰冻的小智的雕像是被小刚找到的，在这之前大家都没有找到他。但最终解救了小智的神秘人是坂木，并赠送给了他命运的折弯汤匙和进化之石，小智立刻寻找伙伴们，前往苏芳岛，当他赶到时马志士和正辉正在与希巴交战，小智帮助了他们。最后，小智和小茂还有小蓝一起传送能量给空中的小黄，击败了阿渡。
金·银·水晶篇
在金·银·水晶篇中，小智首次出现在培育屋的一张照片上。 在单行本9，小智尝试挑战常青市道馆道馆馆主的测试，但即使他轻松地通过了测试，却因为之前被冻结时受的伤而不得不推辞。随后在奈奈美的建议下前往白银山寻找温泉治疗伤势。在白银山，小智成功治愈了大部分伤势并偶遇了娜姿，后者给予了他命运的折弯汤匙以及往白银山深处疗伤的建议。疗伤结束的小智出现在石英高原联盟会场地下，并使用卡比成功阻止了失控拐向辅道的磁悬浮列车。之后他与小茂顺着命运的折弯汤匙的引导前往栎树林，与修行的阿桔、希巴偶遇并在二人帮助下成功抵达。
抵达栎树林后，小智和小茂成功与小蓝汇合，并控制急冻鸟配合小茂和小蓝一起阻止洛奇亚、凤王。在洛奇亚和凤王被传送过来的宝可梦平息后，小智三人一同前往栎树林祠堂，并利用小龟填充的白银山温泉帮助融化众人身上假面男制造的冰。之后与众人一同将能量传送到时间的缝隙中帮助阿金对抗假面男。
火红·叶绿篇
小智等人回到真新镇，按博士要求寄回了宝可梦图鉴，并来到了七岛。
在游船上，小智目睹了小蓝遭到神秘宝可梦的袭击，并决定要打败它。在终极的指导下，学会了究极技。
学会技能的小智和小茂来到了四之岛，得到了战斗探测器，并遇到了科拿。在此之间被三兽士袭击，遭到了大爆炸的直接攻击。科拿利用了挖地洞让众人逃脱。
仍不死心的三兽士发出了通缉令，并对七岛大肆破坏。负伤的小智决定兵分三路阻止他们。小智前往五之岛，用快泳击败了查克拉，但却被岛上的居民误解。这时个体二到达，小智与它展开了对战，但不幸败北。此时小茂和小蓝与小智重逢，但小智却表现出之前从未有过的胆怯，独自出走。小蓝追上了他，表示自己会继续战斗。小智最终向皮卡透露了自己的心声，克服了恐惧，并和大家一起训练终极技能。
后来与小茂、小蓝、小黄及小银阻止火箭队飞船直接坠落于城市，为了保护个体二寻找个体一，被超梦与沙奇的达克莱伊对打时所产生的奇异能量所石化。
绿宝石篇
第六章的小智
小智等五人的石像被移动到对战开拓区，随后米拉特向基拉祈许愿解除了五人的石化。10名图鉴持有人与格列盖达和海之魔物战斗，最后格列盖达被打败，小智的妙蛙花与皮卡丘分别使用草属性究极技与电属性究极技与其他的宝可梦一起击溃海之魔物。
在本章末尾，小智参加了对战巨蛋的对战锦标赛。
心金·魂银篇
当阿金谈论他与白银山的训练时，小智在阿金的回忆里出现。
Ω红宝石·a蓝宝石篇
第十三章的小智和小蓝
在第十三章，小智和小蓝一起出现，一起前往丰缘地区挑战偷了宝珠的水梧桐和赤焰松。他们分别使妙蛙和小龟超级进化，却最终被原始固拉多和原始盖欧卡所击败。
小智醒来后发现身处火箭队的飞艇，最后参加了破坏巨大陨石的行动。
宝可梦
同行
妙蛙 ♂
首次在 VS豪力 中登场
主条目：妙蛙
妙蛙（日文︰フッシー，英文︰Saur）是小智的妙蛙花，当它还是妙蛙种子的时候，由大木博士赠与的。它是小智队伍中最有力的宝可梦之一，并且曾经在石英高原联盟赛的决战中击败了小茂的喷火龙。
在Ω红宝石·a蓝宝石篇成功超级进化。
妙蛙目前的等级为84级。
翼龙 ♂
首次在 VS火焰鸟 中登场
主条目：翼龙
翼龙（日文︰プテ，英文︰Aero）是从坂木赠与的秘密琥珀中复活出来的化石翼龙。它载着小智在空中作战的姿态就好像小智的翅膀一样，甚至可以带起小智的整个队伍。
翼龙目前的等级为85级。
位置不明
蚊香 ♂
首次在 VS梦幻 中登场
主条目：蚊香
蚊香（日文︰ニョロ，英文︰poli）是小智的蚊香泳士。当它还是蚊香蝌蚪的时候就跟小智在一起了，是小智的第一只宝可梦；它登场的时候已经是蚊香君的形态（后文回忆它是为了救起落水的小智而进化的）。后来在与马志士一战中，同样为了救起溺水的小智，于枯叶港中进化为蚊香泳士。它的各项表现都很出众，面对强敌总是奋勇当先，是队伍中相当可靠的成员。
蚊香目前的等级为80级。
皮卡 ♂
首次在 VS皮卡丘 中登场
主条目：皮卡
皮卡（日文︰ピカ，英文︰pika）是小智的皮卡丘。皮卡曾经因为在深灰市盗窃食物而遭到通缉，引起全城大骚动却无人能将其捕获。被小智捕获后的很长一段时间都很不听话，但后来逐渐成为小智不可或缺、最忠实的伙伴，是小智队伍的先锋。它的家乡是常青森林，假如看见家乡遭到破坏会变得异常愤怒。在小智失踪的一段时间，从四天王手中逃回的皮卡转由小黄照顾。它在城都的培育屋跟小黄的丘丘育有一个蛋，后来孵化出皮球。
皮卡目前的等级为88级。
暴鲤 ♂
首次在 VS暴鲤龙 中登场
主条目：暴鲤
暴鲤（日文︰ギャラ，英文︰Gyara）是曾经属于小霞的暴鲤龙。一度被火箭队抢走并经历了很多实验，性情变得异常暴躁，小智将暴走的它重新捕获并归还小霞。后来因为小智无法获得冲浪的招式学习器，小霞用暴鲤龙交换了小智的大钳蟹，希望小智能尽快前进。它的登场会给对手带来巨大的威吓。
卡比 ♂
首次在 VS卡比兽 中登场
主条目：卡比
卡比（日文︰ゴン，英文︰Snor）是小智在自行车赛中捕获的卡比兽。贪吃贪睡，但是经过训练之后成为小智队伍中力气最大的宝可梦。它的食物要消耗大量经费，而且身体也正在变得越来越胖。后来它与米拉特的卡比兽育有一个蛋。
阿布 ♂
首次在 VS伊布 中登场
主条目：阿布
阿布（日文︰ブイ，英文︰Vee）是小智的太阳伊布。是在莉佳的要求下被小智以伊布的形态被捕获的，它是火箭队对宝可梦进化研究的一个部分，可以任意进化成火伊布、雷伊布或者水伊布并退化。后来小智为了不让它继续痛苦，让它进化成了太阳伊布。
多力 ♂
首次在 VS梦幻 中登场
多力（暂译，日文︰ドリ）是小智在真新镇捕捉的尼多力诺，它是小智在漫画初次登场时捕获的宝可梦。之所以要安排尼多力诺在真新镇出现，可能是借鉴了《红／绿／蓝》游戏的开场动画。
尼多力诺目前的等级为42级。
已知招式该宝可梦没有已知的招式。
特性毒刺
阿鼠 ♂
首次在 VS九尾 中登场
阿鼠（暂译，日文︰ディグ）是小智在与小茂交换了同行宝可梦期间捕捉到的地鼠。
地鼠目前的等级为23级。
已知招式挖洞
特性沙隐
穿山 ♂
首次在 VS鸭嘴火兽 中登场
穿山（暂译，日文︰サン）是小智在旅途中捕捉到的穿山鼠。在与鸭嘴火兽的战斗中用沙子将鸭嘴火兽固定住。
穿山鼠目前的等级为21级。
已知招式泼沙
特性沙隐
大嘴雀
首次在 VS大嘴雀 中登场
小智的大嘴雀是小智为了解救变成小拉达的正辉而捕获的。
已知招式啄钻
喇叭芽
首次在 VS大嘴雀 中登场
小智的喇叭芽是小智在旅途中捕获的。
已知招式该宝可梦没有已知的招式。
狩猎地带宝可梦
首次在 VS尼多王 中登场
在狩猎地带中，小智由于投球失误用普通精灵球意外地捕获了尼多后而遭到尼多王报复，但最终通过巧妙的战术用狩猎球陆续捕捉到各种宝可梦。
其中包括尼多王、尼多后、喇叭芽、口呆花、大食花、蛋蛋、派拉斯特。
已知招式百万吨重拳*紧束*毒粉*催眠粉*麻痹粉*
绿毛虫、铁甲蛹、巴大蝶
首次在 单行本1 中登场
小智在旅途中捕获的宝可梦，在小智的图鉴中显示已捕获。
曾经拥有
大钳蟹
首次在 VS九尾 中登场
大钳蟹是小智在与小茂交换了同行宝可梦期间捕捉到的宝可梦，后来与小霞的暴鲤龙交换。
已知招式夹住蟹钳锤极落钳
喷火龙 ♂
首次在 VS梦幻 中登场
主条目：小茂的喷火龙
小茂的喷火龙曾经数次借给小智使用（分别与暴鲤和妙蛙交换）。
哥达鸭、飞天螳螂、大比鸟、多边兽、豪力→怪力
首次在 VS九尾 中登场
小智与小茂曾经不慎错拿了各自的宝可梦，其中小茂的豪力在小智手中进化成怪力。
小龟 ♂
首次在 VS卡咪龟 中登场
主条目：小龟
小龟在VS卡咪龟中作为小蓝的宝可梦卡咪龟首次登场。
临时使用
急冻鸟
首次在 VS急冻鸟 中登场
主条目：传说的鸟宝可梦（特别篇）
小智曾与急冻鸟多次碰面。在栎树林之战中，小智向小蓝借用了急冻鸟，事情平复后归还。
超梦
首次在 VS肯泰罗 中登场
主条目：超梦（特别篇）
在火红·叶绿篇，超梦与小智长期联手，共同对抗坂木的代欧奇希斯。
代欧奇希斯·个体2
首次在 开始行动的首领 中登场
主条目：代欧奇希斯（特别篇）
获得徽章
小智获得的七枚徽章
石英联盟
小智曾经获得过七枚徽章，但其中灰色徽章和蓝色徽章被小蓝偷走，并且从未真正归还。虽然小智打赢了坂木，然而并未取得绿色徽章。而且由于特别篇的某些原创设定，小智获得徽章的次序与游戏设定也不相同。
灰色徽章（VS大岩蛇；但在VS卡咪龟被小蓝偷走）
蓝色徽章（VS宝石海星；但在VS卡咪龟被小蓝偷走）
彩虹徽章（VS霸王花）
深红徽章（VS火焰鸟）
橙色徽章（VS闪电鸟）
粉红徽章（VS急冻鸟；由小茂转赠）
金色徽章（VS勇基拉；用月之石向小蓝交换）
上述七枚徽章均已遗失在西尔佛公司的废墟里，后来在黄篇落入关都四天王手中。
名字
小智
语言名字来源日文レッド Red来自游戏，《宝可梦 红》。中文大陆小智小智的中文名字。台湾小智小智的中文名字。香港小智小智的中文名字。英文Red来自游戏，《宝可梦 红》。法文Rouge来自游戏，《宝可梦 红》。Sacha小智的法语名字。德文Rot来自游戏，《宝可梦 红》。Ash小智的德文名字。西班牙文西班牙Rojo来自游戏，《宝可梦 红》。韩文?? Jiu来自游戏，《宝可梦 红》。显示更多 [▼ | ▲]
战斗之人
语言名字日文戦う者 tatakau mono中文大陆战斗之人台湾战斗者香港战斗者英文Fighter意大利文battente西班牙文西班牙Luchador韩文??? ? Ssauneun Ja显示更多 [▼ | ▲]
细节
妙蛙种智
小智的常见非官方译名为小赤。
在吉美版特别篇中，火红·叶绿篇之前，除了皮卡，小智的其他宝可梦并没有昵称。
虽然在第三卷和小茂的对战中，有小智给妙蛙起昵称的回忆片段，但是这个片段在之前是找不到的。
类似的，在早先的碧日版英文特别篇中，除了皮卡，小智的其他宝可梦都没有昵称。它们的英文昵称是在创艺版的火红·叶绿篇中第一次出现的。
小智的生日是特别篇单行本首次出版的日期（1997年8月8日）。
小智和坂木有着一样的血型和生日月份。
小智总共被冰冻两次，石化一次，溺水两次。