在VS急冻鸟中，小智来到了双子岛，但是此时火箭队已经先一步登陆了这里并且找到了将自己冰封的急冻鸟。小智派出自己的宝可梦和火箭队对战，因为过去的事情，其实小智的宝可梦们还依旧对暴鲤龙心存芥蒂，暴鲤龙虽然很强但因为看到火箭队想起了过往的事情变得愈发的不对劲，在火箭队的臭臭泥的攻击下，暴鲤龙撞碎了急冻鸟冰封自己的冰块，随即溜走。火箭队立刻上前去追急冻鸟，但小智因为担心还在被臭臭泥攻击的暴鲤龙的安危，决定不去追赶火箭队而是先关心暴鲤龙的情况，在小智的说服下，小智的宝可梦也对暴鲤龙放下了偏见开始准备帮助暴鲤龙。而另一边，急冻鸟看到小智的宝可梦不敌火箭队臭臭泥，它发现了火箭队才是邪恶的一方后帮助小智将臭臭泥击败，然后就飞向了远方。
在VS火焰鸟中，小智在抵达红莲岛之前就看见岛上冒出火光。小智走近一看才知道，火箭队正在和一只烈焰马和一只风速狗交战，这时火箭队也发现了小智，火箭队在找的夏伯看见有小孩子被卷入后立刻现身，而火箭队则变本加厉的以小智为人质威胁着夏伯。小智见状派出暴鲤龙攻击了火箭队，然后就被夏伯拉上烈焰马快速逃离，在路上夏伯告诉了小智自己以前是火箭队的科学家的事情，而另一边火箭队派出火焰鸟追击，小智的宝可梦都不敌火焰鸟。夏伯询问小智是否有能飞的宝可梦，小智表示自己并没有，但夏伯看见小智有神秘琥珀后就让他和烈焰马先到自己的研究所去。不明不白的小智来到研究所后误以为夏伯很可能是想囚禁自己，因为他也是火箭队前成员，这个想法遭到烈焰马的攻击。这时，小智捡起了地上的一本书得知了研究室里有可以让古代宝可梦化石复原的机器，他在复活完化石翼龙后，化石翼龙打破研究所的屋顶，冲出去救下了已经奄奄一息的夏伯。因为化石翼龙的出现，使得火箭队也不得不收回处于下风的火焰鸟先行撤退，而夏伯也和小智告别去找超梦。
在VS勇基拉中，小智回到了镇上，但街上一个人都没有，来到大木研究所的小智，遭到了娜姿的勇基拉假扮的大木博士的袭击，发现的小智派出妙蛙草，勇基拉使出招式幻象光线攻击妙蛙和小智，但它最终还是被妙蛙草的寄生种子缠着并原形毕露。这时娜姿从暗处现身告诉小智，勇基拉用的是催眠术，会让人跟宝可梦产生幻觉。还告诉小智因为小智总是在坏火箭队的好事，所以今天才来当面警告，如果小智相救真正的大木博士就请到金黄市去。小智明白镇民的失踪也和火箭队有关。于是生气的让妙蛙草攻击娜姿，却不曾想飞叶快刀根本无法打中娜姿，娜姿跟小智说完后会有期就转身离去。这时，小茂骑着喷火龙降落在小智面前，他告诉小智火箭队的根据地就在金黄市。原来，火箭队之所以会袭击大木研究所是因为他把伊布传回了研究所，小茂表示爷爷之所以会把研究所建在乡下的真新镇就是因为这里是个不会污染宝可梦的地方，而火箭队这次的行为就是在玷污爷爷的的心血，于是他让小智不要插手独自前往金黄市。但小智也随即跟上，要跟火箭队做个了断。
在VS魔墙人偶中，小智和小茂在金黄市上空再次相遇，两人来到光墙的中央寻求薄弱的方法尝试破解，但依旧没能成功。这时，小茂派出哥达鸭借用超能力感知到了光墙的使用者就是西尔佛公司外的魔墙人偶但却没有办法将其打败，而小智则是让皮卡丘凭借着替身进入了光墙内但却不知道使用光强的宝可梦在哪里。在小蓝的撮合下，小智和小茂开始联手合作，一起击败了隐身的魔墙人偶，成功地进入了金黄市。
在VS大嘴蝠中，小智和小茂进入了西尔佛公司，刚进来他们就被地板的机关分开，小智落入了一间四周被电网环绕的密室，带着许多电属性宝可梦的穿着绝缘衣的马志士走了出来，靠着闪电鸟的电力供给马志士的宝可梦的电力攻击疯狂地攻击着小智。小智派出妙蛙但以下就被电倒，不过还是坚持使出了飞叶快刀并且切断了和闪电鸟连接的电压线，闪电鸟身上的大量电压一下就放到了马志士的背上，马志士瞬间倒地不起，小智上前摸走了马志士的橙色徽章。打败马志士的小智，立刻跑上楼支援小茂。
在VS急冻鸟中 ，小智派出蚊香泳士阻挡阿桔大嘴蝠对小茂的攻击，但却被臭臭泥直接打败，而臭臭泥也放开了小茂开始攻击小智。阿桔贴近小茂准备送他上路之际，小茂派出大比鸟偷袭了阿桔。但阿桔立刻将小智作为人质来要挟小茂，他还告诉小智当时急冻鸟之所以会被他捕捉，就是因为急冻鸟用了全部的力量来救你。小智的脚很快就被急冻鸟使出的招式冰冻住，慢慢地小智和小茂全身都被冰包裹，就当阿桔大意收回了急冻鸟后，就遭到了攻击。之前小茂就将喷火龙派出，从急冻鸟冻裂的缝隙里跑到了大楼外不断用火焰加热整个房间，记者小茂和小智联手彻底击败了阿桔。然后他们就听到了楼上小蓝的惨叫，于是小智赶快上楼帮助小蓝，小茂下楼救助大木博士。
在VS勇基拉中 小智来到了楼上进入了一个神秘的房间，房间里放着装载徽章的能量放大器，小智偷听到火箭队手下的谈话得知了这一情报。之后，小智看见了假扮成娜姿的小蓝进到了房间里，便试图从她身上抢走第七枚徽章，但皮卡丘对娜姿亲密的表现让小智感到奇怪，小智这才发现娜姿是小蓝假扮的。恢复过来的娜姿立刻去追小蓝，她发现小蓝和小智正在房间里调试徽章能量盘，小智尝试用能量盘强化皮卡丘，但是却没有反应。于是娜姿立刻让勇基拉进行攻击，一旁的小蓝拿走了徽章能量盘到角落里偷偷换上了真的徽章，而同时娜姿派出了火焰鸟还召回了闪电鸟和急冻鸟，徽章能量盘启动后的能量飞到了传说的鸟宝可梦之间将其合体成三鸟一体。娜姿表示火箭队的实验总算成功了，还告诉小智之前就是拿有多种进化的伊布进行这个实验的，并且先放任小智和小茂的目的也是为了让他们帮助火箭队收集徽章，说罢便对小智发起了猛烈的攻击。这时，小茂骑着喷火龙也赶到了现场，虽然情势稍微好转但小智等人还是被三鸟一体打出了窗外，不过因为妙蛙的藤鞭结成了网所有三人平安无事，以为三人已经必死无疑的娜姿很是吃惊命令三鸟一体再次攻击，但小智的妙蛙草进化成了妙蛙花和清醒过来的小蓝派出的水箭龟以及小茂的喷火龙合理解体了三鸟一体，回复自由的火焰鸟、闪电鸟以及急冻鸟各奔东西，而娜姿也输了。
在VS超梦（上篇）中，小智听正辉提到在华蓝市的西北边出现了一只怪物，在袭击城市后就逃进了华蓝洞窟。虽然正辉劝阻小智不要去找那只怪物，但小智依旧坚持要去找这只强大到像“怪物”一样的宝可梦。就在小智刚想踏入洞穴时，洞穴里刮出一阵龙卷风，小智和宝可梦都被吹飞到空中，就当化石翼龙坚持不住时，夏伯赶到救下了小智和他的宝可梦们。夏伯告诉了小智龙卷风的使用者就是被火箭队造出来的宝可梦超梦，并且为了完成超梦，当时自己也移植了细胞，如果超梦不断失控自己就会被超梦的细胞反噬而失去生命。因为互相都有喜各自的细胞，所以夏伯可以探测到超梦的位置，如果夏伯死了就再也没有人能抓到超梦了。夏伯为了保证小智的安全将他困入了烈焰马的火焰防护罩中，孤身上前对抗超梦。在VS超梦（下篇）中，夏伯已经倒在地上了，小智本以为超梦已经失去战斗能力了，但没想到超梦还有体力继续战斗，小智派出所有的宝可梦和超梦周旋，即便宝可梦被吹散也依旧坚持迎着龙卷风而上吸引超梦的注意力，并趁机让皮卡丘叼着夏伯给的大师球从上方靠近超梦将其收服。小智将超梦给了夏伯，然后背着重伤的夏伯继续向石英高原前进，并且约定好以后要和夏伯进行对战。
在VS迷你龙中，小智在常青森林救下了被野生的迷你龙袭击的小黄，随后得知小黄没有宝可梦后他帮助小黄收服了一只野生的小达拉。之后，森林里不断涌出大量的宝可梦，于是小智只好抱住小黄利用化石翼龙躲到了空中，得知小黄住在常青市后，小智决定将她送回去。小智也对森林里突然出现好多宝可梦起了疑心。来到常青市后，他得知了常青道馆的道馆馆主一直不在的事后决定一趟究竟，在告诉小黄要善待宝可梦后就派出暴鲤龙前往河对岸的常青道馆。进入道馆后，小智对着残损的道馆馆主雕像想到好像在哪里见过他，随后坂木出现在他的身后和小智打招呼。坂木现身后直接表明了自己的身份是火箭队的首领，小智表示之前见面是为了对自己进行试探嘛。坂木想要将小智纳入麾下，但小智并不想答应，于是坂木单方面提出如果两人对战小智输了小智就要无条件成为他的部下，如果小智赢了自己就再也不会妨碍他，小智没有答应，但对战还是开始了，小智虽然抢先坂木派出了卡比兽，但坂木随后派出的尼多王利用双倍奉还重创了卡比兽，接着坂木又换上了隆隆岩，隆隆岩在道馆内四处弹射让卡比兽难以招架，然后两边开始比铁头但不相上下，接着隆隆岩又使出了落石再次命中卡比兽，节节败退的卡比兽最终被隆隆岩的大爆炸打败。接着，坂木派出大针蜂，就当坂木让大针蜂把针架在了小智脖子上时劝小智投降时，小智没有善罢甘休，化石翼龙突然出现在小智背后将他带到空中，化石翼龙从空中使出破坏光线打败了大针蜂。随后，常青道馆开始坍塌，小智的蚊香泳士和小智都被石块砸伤，接着钻角犀兽使出地裂把妙蛙花和暴鲤龙的精灵球也被弄坏了。这时，小智才知道坂木原来就是常青道馆的道馆馆主，坂木将自己设计的火箭队计划对小智全盘托出。没有余地的小智只能派出皮卡丘和坂木的尼多王最后一搏，皮卡丘因为家乡被破坏的愤怒使出全力打败了坂木的他的宝可梦。昏倒在森林入口的小智被小黄带了回来，小黄告诉小智大家都在驯服森林里的宝可梦，希望小智今后能成为他们所需要的那个厉害的训练家，小智表示等自己变成最强的训练家时，一定回来常青市的。
在VS烈雀中，小智在宝可梦联盟的比赛中从c区脱颖而出，而小茂、小蓝以及d博士都获得了各个区域的胜利。之后，在d博士和小蓝的对战中，小智知道了小蓝原来也是真新镇的人，并且见证了大木博士将第三台宝可梦图鉴交给了小蓝。因为小蓝战败，d博士弃权，所以联盟比赛的最终优胜就会在小智和小茂之间诞生了。
在VS喷火龙中，决赛开始，小智派出的第一只宝可梦是妙蛙花对抗小茂的喷火龙，最终喷火龙陷入中毒被迫下场。小智也收回了妙蛙花，上场的卡比兽对抗小茂的怪力，怪力一开始占上风但卡比兽利用被怪力破坏的场地造出跷跷板将自己弹出后从空中使出舍身冲撞结果了怪力。小茂的第三只宝可梦是九尾，小智派出了蚊香泳士但马上就被打败了，随即皮卡丘也被蚊香泳士砸晕。接着，小茂再次换上了喷火龙，小智也换上了妙蛙花，借助这先前皮卡丘和蚊香泳士的云朵和雷电合成了雷云，再由妙蛙花用藤鞭束缚住喷火龙当做避雷针，最终小智打败了小茂的喷火龙赢得了比赛的胜利。一旁的四天王旁观了小智和小茂的对战。