宗教战争产生的背景和原因极为复杂，通常是在宗教与社会政治生活发生密切联系的特定条件下产生的，是宗教因素与政治、经济、军事等多种因素综合作用的结果。
宗教战争反映了不同社会集团政治、经济利益的对立，本质上“是为着十分明确的物质的阶级利益而进行的”）。它以虔诚、狂热的宗教信仰为思想基础，以精神因素激起信徒强烈的复仇心理，使战争表现得异常激烈和残酷。
在古代，宗教战争以欧洲、阿拉伯国家为甚。
欧洲中世纪时，基督教已不单纯是意识形态，而且逐渐成为封建统治阶级中强大的政治力量。教会把哲学、政治、法律等上层建筑都置于神学控制之下，有权直接调动军队来镇压和屠杀异端分子。
宗教影响渗透到社会生活的各个领域，几乎每一个人都是基督教徒。在阿拉伯伊斯兰国家，宗教与政治是合为一体的。伊斯兰教从7世纪初创立起，就奠定了政教合一体制的基础。
宗教领袖就是政治领袖，宗教成为代表统治阶级利益的政治、经济、法律及文化制度。在这种情况下，各种阶级的和民族的政治斗争也往往都是以宗教斗争的形式进行，由此产生一系列宗教战争。
7世纪前期，伊斯兰教在阿拉伯半岛进行了多次宗教战争，以后又在“伊斯兰”的旗帜下，对其他地区进行征服和扩张；8世纪中叶建立起横跨亚、非、欧三洲的阿拉伯帝国，伊斯兰教也由此迅速传播开来。
从11世纪末到13世纪末，西方基督教徒对信奉伊斯兰教的阿拉伯国家发动了8次“十字军”东征，前后绵延近200年，死亡数百万人，给东方和西欧人民带来巨大灾难。在西欧社会内部，基督教与其他教派的斗争自10世纪末起愈演愈烈，爆发了多次战争。
13世纪初，教皇亲自组织“十字军”到法国南部镇压阿尔比派，战争持续了4年，阿尔比派惨遭屠杀。15世纪上半叶，德意志皇帝与罗马教皇组织“十字军”对胡斯派革命军进行了5次讨伐。
16世纪随着宗教改革运动的兴起，爆发了法国宗教战争，代表资产阶级愿望的卡尔文新教派与基督教旧教派进行了30多年的战争，结果双方妥协，新教在法国获得一定地位。
以后发生的“三十年战争”（1618～1648），德意志国内的新旧教纷争在战争初期占有突出地位，后则演变成全欧洲的国际性战争。
三十年战争基本上是以德意志新教诸侯和瑞典、丹麦、法国(法国是信天主教的，但是为了称霸欧洲和新教国家站在了一起)为一方，并得到荷兰、英国、俄罗斯的支持;神圣罗马帝国皇帝、德意志天主教诸侯和西班牙为另一方，并得到教宗和波兰的支持。
这场战争推动了欧洲民族国家的形成，是欧洲近代史的开始。这场战争使德意志各邦国大约被消灭了25%~40%的人口;路德城维滕贝格四分之三人口阵亡，波美拉尼亚百分之六十五的人口阵亡，西里西亚四分之一的人口阵亡，德意志各邦国男性有将近一半阵亡。
现在的欧洲各国好处于这个战争中，朱由检之所以不对那些红夷出手之所以还和他们交易，除了赚钱之外，最重要的是，朱由检想让他们继续这宗教战争，避免因为大明的崛起，导致他们一致对外。
这只是西方的宗教战争，在天朝，宗教引起的战斗了不少。汉朝的黄巾起义。
黄巾起义，是东汉晚期的农民战争，也是中国历史上规模最大的一次宗教形式组织的民变之一。
虽然叛乱失败了，但是对东汉朝廷的统治产生了巨大的冲击，为平息叛乱，各地拥兵自重，虽最终起义以失败而告终，但军阀割据、东汉名存实亡的局面也不可挽回，最终导致三国局面的形成。
再比如造反专业户，白莲教。
洪武、永乐年间，川鄂赣鲁等地多次发生白莲教徒武装暴动，有的还建号称帝，均被镇压。永乐、正统、成化、弘治、正德、万历年间都有白莲教聚众作乱，地点从湖北、江西到四川、山西、山东乃至于京都顺天府都难以幸免。
在嘉靖年间，还发生了着名的李福达案、朱充灼之乱。这些都和白莲教有着直接关系。
明朝中后期，白莲教甚至和蒙古势力互相勾结。
不过明中叶以后，民间宗教名目繁多，有金禅、无为、龙华、悟空、还源、圆顿、弘阳、弥勒、净空、大成、三阳、混源、闻香、罗道等数十种，有的一教数名。它们各不相属，教义颇多歧异，组织、仪轨和活动方式也不尽相同，但或多或少地带有白莲教的印记。
如此一个祸害在，朱由检自然不会允许宗教不接受朝廷的监督。
虽然历史上大部分的起义闹革命，都是民不聊生导致的，朱由检也很同情，那些被欺压的百姓，但是作为皇帝，朱由检可不是自己的国内出现叛乱。
让百姓活下去，靠着对官员的严苛刑罚，等一系列措施，可以办得到。
但是宗教这玩意不好说，毕竟这玩意洗脑的能力实在是太强了。
虽然朱由检并不怕他们搞事，但是朱由检怕叛乱会对会对大明和稳定，造成巨大的影响。