南方军攻占武昌的战斗并不算激烈，只是在汉口有短促的激战，古小林第七旅部队横渡长江，与据守汉口的第二师第四旅（原黎元洪混成协四十二标）发生交火。水印广告测试 水印广告测试四十二标的抵抗是自发的，并不算有组织的战斗，一部分忠于民国政府的军官控制的部队在刘家庙、俄租界附近与渡江的七旅十九团、二十一团部队交火，几发迫击炮弹落入租界，事后引发了俄国领事的抗议。民军的抵抗迅速被粉碎，民军部队或者缴械投降，或者脱去军服丢掉枪械逃散了。而在汉阳方向，南方军第七旅二十团、第三旅八团基本没有遇到抵抗，被黎元洪重新掌握的第二师第三旅（原二十一混成协第四十一标）放弃抵抗，整体向蒙山军投降。汉阳钢厂、军火厂基本完整地落入了蒙山军之手。
黄兴再次逃脱。估计是走陆路潜往了江宁。但宋教仁、谭人凤、孙武等人均落入蒙山军之手，或许他们本就不想走。
至9月27日，武汉三镇已基本在蒙山军的控制之下。
龙谦获悉武昌已经占领，洪粤诚已获安全，命洪粤诚负责组建武昌军政府，龙谦自领大都督，立即恢复武昌之秩序，迎接蒙山军总部的进驻。
电文发出的同时，留驻长沙的蒙山军总部分批出发，迁往武昌。
龙谦在离开长沙之前，与山东军、北方军主要指挥官们就组建全国性的临时政府以及选择首都进行了一番函电交驰的讨论。宁时俊、陈超、鲁山、石大寿均建议龙谦立即北上，以北京为中央政府所在地，因芦汉线已经控制于蒙山军之手，交通问题已然解决。自武汉北上，总部可以乘坐火车了。
圆满完成联络袁世凯使命的方声远也持同样立场。方声远看的比鲁、宁、陈、石等人更远一些。方声远以为，建都之地。不外北京、西安及江宁三地，因国家政治军事经济的重心东移，西安已经失去了建都的基本条件——它离军事政治的核心区域太远了！比较北京及江宁，北京的条件更好一些——有现成的办公场所。外国驻华使节均在北京。更主要的是，北京是满清二百余年的都城。旗人及拥护满清的力量相对雄厚，又是北洋的大本营，蒙山军总部及中央政府进驻北京，以其为首都。可以震慑反叛，以利安定。
叶延冰及封国柱建议将首都设在济南。认为山东乃蒙山军大本营，民心早附，工业基础又好，而且，建都济南，可以安抚为夺取全国政权付出重大牺牲的山东民众。
王明远、洪粤诚却建议将首都设在武昌。武昌位于南北交通的枢纽。湖广为天下粮仓，又有张之洞数十年苦心打造的工业基础，具备建都的基本条件。俩人不约而同地提出另一个重要理由，即组建中央政府需要一个过程。万不可学习孙文的办法——那本是一个笑话。王明远认为需要实施一个时期的军事管制，待全国局势基本稳定，公开的反对派基本被消灭，然后再从容建立中央政权机构。王明远认为这个时间至少需要两年，洪粤诚则认为需要一年足够。武昌可作为蒙山军总部驻地，待条件具备，再从容议定首都的所在。
龙谦当然也问了司徒均的意见。司徒均一贯是从军事上考虑的。因此司徒均赞同将首都定于北京。除了方声远鲁山等人陈述的理由外，司徒均认为国家面临的军事威胁在北不在南，将政治中心设在北京，有利于稳定北方局势。为此，司徒均详细阐述了他对于东北、西北以及蒙古地区的军事展开，认为蒙山军必须将大批部队调入北方，建都北京更有利于军事问题的解决。司徒均甚至认为，应当立即将北方军的一个师调回东北，展开于吉林、黑龙江一线，目前关东只有降将张作霖一个实力很弱的二十一师太单薄了。
龙谦没有表态，他虽有自己的看法，但还是需要好好想一想。
龙谦对司徒均说，“分两步走。第一步先到武昌，总部暂设武昌，指挥正向西南进军的第二师及向东南进军的第三、第一师，待解决东南及西南后，我们再确定首都的地址。
明远考虑先军事管制一段时间是对的，目前必须采取此种方法。但必须考虑着手组建中央政府了。当然，我们可以暂时由蒙山军总部代行中央政府的职权。待中央政府初见雏形，再将军事指挥机关与民政机构分离出来。对于军事指挥机关的组建，你要多想一想，战时机构和和平时期是不一样的。
目前的问题依然是军事第一，立调宋晋国来武昌主持联勤总部业务，等老宋到来后，将连树鹏派回广东留守，并保障明远第三师的后勤保障。我考虑，为了实施全国性的军事管制，目前有必要设几个大军区，东南军区，包括福建、浙江、江苏、江西诸省，以王明远为司令官，封国柱为副。任务是平定东南，促使民国政权的垮台和转变。目前情况下，东南军区的司令部设杭州为妥。西南军区，包括云南、贵州、四川及西藏，以蓝心治为司令官，司令部设成都。西北军区，包括陕、甘、新疆诸省，暂以吴念为司令官，待东南平定，可调封国柱为司令，吴念为其副手，完成向西北的进军。停在河南的第七师立即西调，进驻西安，西北军区司令部就设在西安吧。北方军区，以鲁山为司令官，辖区包括关东三省及直隶、山西两省。司令部暂设北京。中央军区设在济南，为全军总预备队，同时策应几个方向。司令官为叶延冰。你看如何？”
“司令考虑的很周到。各大军区的设立很必要，人选亦妥当。中央军区除了山东之外，似应将河南、安徽划入？两广及两湖极为重要，是不是要设立一个南方军区？”
“嗯，这几个省暂时不会打仗了。可以，但我想不出要谁来领衔镇守南方？”
“北方军人才济济。是不是调石大寿或者范德平来？”
“他们熟悉北方气候及地形，而且，你说的对。北方最薄弱，尤其是东北。我有意在奉天设立北方军区的前进指挥机构。以石大寿为司令官，同时兼任北方军区的副司令。”
“连树鹏抓后勤是好的。但他从未打过仗，没有指挥作战的经验，第二师西征，南方须有一员大将镇守方可。司令不从北方军调人是有道理的。看来还是缺少人才啊。”
“看出我们的问题了吧？且不说民政人才的短缺，便是军事将领，也是捉襟见肘啊。南方军区可以考虑胡宗玉领衔，他对广东情况比较熟悉。你要知道，将总部军事指挥机构正规化，也需要从各部队抽人，比如邓清华。比如商凤春……”
“嗯，这两个人都不错。”
“这样，咱俩就谈一谈军队问题吧。你一定有成算了，全国性的军队展开。还需要组建几个师？”
司徒均明白龙谦要考虑各军区部队的配备后再定南方军区司令官人选，“是的，我们做了计算，先说西南。第二师基本够了，但他们兵力展开不理想，应当从武昌派一支部队西进四川。所以，我建议派郭海昌第三旅入川，从广西将第六旅（新组建部队）调回来，配属中央军区或者给西北军区。”
“不妥。六旅基本是广西子弟，进西北不妥。”龙谦打断了司徒均的话，“嗯，对不起，你先把你的计划讲完。”
“西北方向，一个两旅制的第七师经略西北是不够的。应当从北方军部队调出至少两个团的骑兵，另外从第六师调一个旅给第七师，勉强可以承担进军西北的任务。地方大，那么一点部队撒开了就不够了。”
“嗯，接着讲。”
“东南方向，两个师四个旅足够。待战事结束，可以调出第一师转隶中央军区，或者调回南方军区，留王司令的第三师镇守东南。”
“嗯。继续。”
“接下来就是整顿北洋及民军部队了。衡水北洋军可编为两个师，一个师调西北，另一个师调给北方军区。第九旅及黎元洪起义部队再编一个师，转隶北方军区。河南及山西部队基本是北洋系统，可以再编一个师，隶属中央军区。王司令平定东南后，可以以降兵组建一个新师，留在江苏或者安徽。这样，北方军四个师，西北军两个师，西南军一个师，南方军一个师，东南两个师，中央两个师，全军共计十三师。”
“好。若要满足全国守备任务，十三个师是不够的。但目前只能这样了，不然财政根本吃不消。我的意见，可以将各师区分一下，分为甲乙两种，甲种师为三旅九团制，乙种师为两旅六团制。第1、2、3、6、7、9、10七个师为甲种师，其余为乙种师。番号你重新排定吧。北洋系统三个师，民军系统两个师，所占的比例不低了。要统筹解决军官配备问题，必要的话，可以以团营为单位混编。另外，要扩大山东武备学堂和黄埔军校的规模，成立更高一级的军事学院，对各级军官，包括蒙山军系统的军官，分期分批回炉学习，这个，你要立即着手制定计划。马上实行。”
“明白。”司徒均顿了一下，“刚才司令未提及宁司令的安排，是要将他调入政府部门吗？”
“不，我计划让时俊来牵头组建海军机关。”龙谦微笑道，“但是，我要从军队系统中抽调一大批军官从政了。到时候你不要舍不得。司徒啊，咱们就要胜利了，对于军队，我基本的态度是不介入政治，纯粹一些为好。军队也要将军政、军令系统分开，军政嘛，要建立国防部，统管部队的人事、经费等方面工作，军令系统就以总参为主了，总参管打仗、训练，要研究部队的编制、装备问题，联勤部负责后勤，归属军令系统。总政治部的职能划入国防部。司徒，你就是我军第一任总参谋长了，是我军事上的主要助手。但总参不管人事配备，你明白我的意思吗？”
“完全赞同。司令深谋远虑，乃国家之福。”
“部队的编制是一个大问题，目前的大编制师不一定适合各个战区，要区分对待。刚才你已经讲了，西北方向要多配骑兵，我完全赞同。总参还要成立兵种部，比如通讯、军事情报、炮兵、骑兵、工程兵，有条件了，我还想成立铁道兵部队，我们建国后，要大力整顿修建铁路，没有完善的铁路网，将来对西北、东北用兵是不可想象的。另外，还要组建外军处，加强对外军的研究。你这个总参谋长，事情多啦。”
“司令想的好远。”司徒均轻笑起来，“一些问题，是我这个总参谋长应该提出的，司令都想在前头了。”
“没办法啊。很快，我就顾不上军事了。你说，谁来干国防部长为好？”
“我认为王司令是最好的人选。”
“嗯，但他目前还走不开，我将东南交给他了。你先发一道命令，以总参的名义，封国柱部接受王明远的指挥。东南战场，要统一指挥方好。”
“是。我马上办。”司徒均想，若是别人，封国柱未必服气，但王明远的命令他是不会违反的。很久以来，封国柱一直是王的副手，而且，俩人私交甚笃。
“司令，我考虑解决东南，还需要一路兵马。”
“你是说盘踞两淮的张勋？”
“是的。我认为还是要动用六师。六师自山东南下解决两淮，从北路威胁江宁，万无一失。”
“但这样山东就空了。北洋不解决，六师似不能动。”
“袁世凯通电发出，北洋不会作乱了。而且，我建议司令早去北京，你不去，北洋问题不会真正解决。”
“是的，你说的对。可以给山东发个命令了。今天所议之事暂且保密。等咱们到了武昌，再考虑发布组建各大军区的命令吧。”
“是，请司令注意休息，小事您就不要管了。到了武昌，您就该忙了。”
“哈哈，听说我生病时你还哭了一场？不过，司徒啊，我明白你为什么难过。这就是我们目前最大的弊端，将来一定要从制度上解决这个问题。你不愿意涉足政治，我清楚。但军事和政治从来就是紧密相连的，不懂政治的军人，不会成为一个伟大的军事家。希望你帮我想一想，如何确定一个合理科学的军队管理体制？又要避免军人干政，还要让军人关心国家大事，明白为何而战？”
“这个，可难住我了。”
“不行啊，大家都要动脑筋才行。怎么能靠我一个人？好了，这事不急，你忙吧，尽快将总部搬到武昌去！”