1909年9月17日，满清朝廷正式发出退位诏书，立时震动天下。
“朕钦奉隆裕皇太后懿旨：前因广东起事，南北响应，九夏沸腾，生灵涂炭，商辍于途，士露于野。徒以国体一日不决，故民生一日不安。今全国人民多倾向共和，人心所向，天命可知。予何忍因一姓之尊荣，拂兆民之好恶。是用外观大势，内审舆情，特将统治权公诸全国，近慰海内厌乱望治之心，远协古圣天下为公之意。总期人民安堵，海宇乂安，仍合满汉蒙回藏五族为领土完整之大中国。予与皇帝得以退处宽闲，优游岁月，长受国民之优礼，亲见郅治之告成，岂不懿欤。钦此。”
这封退位诏书的起草，徐世昌本来是要写入龙谦的——拟由龙谦组建共和政府。但载沣坚决反对，只好作罢。另外，特意提到了“长受国民之优礼”字样，算是为满清朝廷争一争最后的待遇。
待遇如何，还要未来的当国者确认。人为刀俎，我为鱼肉，满清贵族不过是寄予一点希望而已。比如皇室的费用，比如居住地，隆裕仍想占据皇宫，至少将颐和园给皇室。但这些要求是不能写在诏书上的，只能等王士珍向龙谦讨要了。不过，徐、段二人证实鲁山大军虽占京师，但未入皇宫并派兵严密保护，总算给流落在外的满清贵族们几分安慰。
但次日来自东南的一份通电令天下士民再次震惊。
孙文在上海就任中华民国临时大总统。发自上海的通电声明，“满清退位乃顺应民意之举，中华民国临时政府深表欢迎。为迅速结束内战，提议全国各党各派立即派遣代表至上海，商讨建国大业。”
孙文通电一出，立即引发了国内各派势力的剧烈反应。正在武昌因与蒙山军和谈破裂而心忧局势的宋教仁、谭人凤至为不满，这叫什么事？蒙山军已定北方，京师已下，南方也占尽优势。这时候成立中华民国，龙谦会认？这不是自启战端吗？
谭人凤直截了当地说，“此乃无谋之举！龙谦停大兵于湖南不动，又派人来武昌商谈。已是先礼后兵。上海之举，必致无可挽回之后果！”
而停留在直隶境内的北洋诸将则有些幸灾乐祸。很想看看蒙山军将如何应对突发的态势。孙文此举不啻是对龙谦最严厉的将军，将蒙山军逼至了死角。这边清室刚刚发布了退位诏书，那边就宣布成立中华民国临时政府了，蒙山军岂能善罢甘休？
全国及世界的目光立即全部投向了上海。同时密切关注着长沙的反应，所有人都等着蒙山军表态，想知道蒙山军是什么态度。
蒙山军总部及山东、北方两军一直沉默着。
9月19日，进抵蒲圻、咸宁以南休整待命的南方军部队开始北上，这是一个明确无误的信号，蒙山军不理会孙文。他们决心武力平定全国了！
果然，9月20日，蒙山军总部发出通电，不承认中华民国临时政府及孙文的临时大总统，这份通电很有些霸道的意味。
“蒙山军自建军起。十余年间卧薪尝胆，整军经武，唯以复兴中华为最高目标。在此目标之下，我军愿意联合国内各党各派，协商成立共和政府，着手制定临时宪法并组织成立中央政府，以团结我四万万同胞。为实现中华民族的伟大复兴而努力奋斗。
自‘勘电’发出，蒙山军南北诸军迭番血战，方致清廷退位，结束统治我中华数千年已腐朽没落之封建政权。我国初现民主共和之曙光，实赖蒙山军之应用奋战。武昌举义成功，实为我南方军对清军武力压迫下的顺理成章之举。为表示我军团结各派之诚意。我南方军停止北上，派员联络武昌军政府以协商解决军事问题，足以表明我军之诚意。国内某政治派别未与我军商量，擅自成立旨在窃取蒙山军奋战成果之全国性政府，是对我蒙山奋战牺牲的数万将士的极大侮辱！对此。蒙山军数十万将士至为愤慨！今通电全国，勒令自即日起，取消伪中华民国临时政府！否则蒙山军将向东南进军，实现全国的真正统一。”
蒙山军的通电再次引发国内舆论的轩然大波。
次日，段祺瑞、冯国璋、曹锟等北洋将领发出了支持蒙山军协商建国的通电，正式亮明了北洋的态度。
同日，中华民国临时政府发出通电，对蒙山军20日通电痛加驳斥，声明国内有如此局面，是同盟会十数年奋斗之结果。龙谦窃取革命成果，首鼠两端，毫无廉耻，不配领导全国。号召全*民站在中华民国临时政府一边，声讨并抵抗蒙山军的军事威胁，“强权永远不能战胜公理！孙文坚信，正义必将战胜邪恶，中华民国万岁！”这封署名孙文的通电以高呼口号结束。
现在，国内矛盾转为了蒙山军与同盟会之间。
话题要从8月10日那次导致同盟会分裂的东京会议说起。会后，陶成章、宋教仁、谭人凤等纷纷回国，各自选定自己的目标干起来。而孙文仍滞留于东京，筹划建立中华革命党。
1909年对于孙文是极为不利的一年。同盟会策动的武装起义连续失败，特别是失去了两广这个孙文最寄托希望的根据地，国内的力量丧失殆尽，而山头满等一直倾力支持孙文在国内夺取政权的日人也开始失望起来，认为中国局势渐趋明朗，将来或龙或袁，绝不会姓孙了。相比之下，日本人更愿意选择袁而不是龙，因为龙谦的反日情绪比袁世凯强烈的多，若是显现越来越强烈的德美色彩的龙谦集团上台，日本的对华政策将困难的多，其在华利或益将受到重大损失。但目前情况下，日本人还不愿意彻底站在袁世凯一方驱逐孙文，因为孙文毕竟在国内有着很强的影响力，孙文这张牌还没有完全褪色，还可以再打一打，还对日本人有用。
日本人的冷淡是一方面。更令孙文恼火的是党内的反对声音越来越高，特别是陶成章为代表的光复会势力和谭、宋为代表的原华兴会势力的分离趋势越发明显。8月10日的会议得到了验证，同盟会事实上分裂了。
孙文当然痛苦。但性格坚毅的他颇有些愈挫愈奋的劲头，思虑再三。孙文拿出的对策是改组组织，成立中华革命党。
经他亲手修订的新党成立宣言中颇有些封建意味的东西，“此次办法，务在正本清源：一、屏斥官僚，二、淘汰假革命党，以收完全统一之效，不致如第一次革命时代，异党入据，以伪乱真。
为此，孙文新成立的中华革命党要求党员入党时必须按指模。立誓约，愿意服从孙文的个人指挥。
孙文还对建国提出了三个时期的理论，及军政、训政和宪政三阶段。军政阶段是以积极武力扫除一切障碍而奠定民国基础，训政阶段是以文明法理，督率国民建设地方自治。等到自治完备之后，才创制宪法进入宪政时代。孙文认为，宪法颁布之日，即为革命成功之时。在此之前，都叫做革命期。
孙文明确强调，在宪政未成之前，一切军国庶政。悉归本党负完全责任。他还异想天开地将党员分为三等，明确他们不同的权利。在革命军未起义以前入党的为首义党员，他们在革命时期都称为元勋公民，享有一切参政执政之优先权利。革命军起义后入党的是协助党员，在革命期间称为有功公民，有选举和被选举的权利。等革命政府成立后入党的是普通党员。称为先进公民，只享有选举权了。
对于广大的非党员，在所谓的革命期之内，不得有公民资格。
国内局势如火如荼，孙文则埋头于东京寓所制定他的革命大纲。终于。上海传来了光复的消息，陈其美这个死忠竟然一举成功了。而且，武昌举义成功，谭宋二人在长江中游竟然也干成了！紧接着，江苏宣布光复，民主革命意识较强的江苏巡抚程德全顺应民心，促成了江苏的异帜。这样，长江下游的富庶地区全部被革命党所掌控。
这下子孙文坐不住了！他急忙找到忍辱负重一直支持他的黄兴，提出回国主持大局的建议。正好，陈其美也派人来了，请他速回上海。
权力欲极强的孙文当即与黄兴回国。一到上海，立刻感受到了在日本完全感受不到的火热气氛。那是一种天下大变来临的气氛，连普通人都感受得到，何况是置身其中的政治家？孙文兴奋异常，立即在陈其美的大力支持下接过了最高指挥权。他要做两件事，一是派黄兴赴武昌，组建武昌军政府，出任军政府大元帅，控制成分复杂的起义军，坚决与龙谦的北伐军打到底，决不能让其占领武昌这个重要的工业城市及南北交通枢纽！第二件就是抓紧成立中华民国临时中央，占据道义的高度以号令天下！
于是，在9月3日，孙文召集了上海、浙江及江苏的革命领袖们齐聚上海，研究对当前局势的应对之策。上海虽是江苏辖区，但事实已然自成一体，所以，这次会议也叫做三方会议。
在会上，主持会议的孙文提出了自己的纲领，那就是建党、建军、建国两大主张。
孙文说，无数先烈的鲜血早就了今天大好的革命局势。各省风起云涌的独立运动证明了同盟会建立民国，驱除鞑虏的主张已深入人心，满清已经完了，北洋军也完蛋了，我们必须抓紧行动，立即以三地的革命武装成立革命军正规部队，以保卫革命成果，立即成立中华民国临时政府以号令天下。二者互为表里，没有大义相召，军队难以建立，经费难以筹措；没有忠于革命的军队，革命万难成功。所以，这两件事要一起办。建国之事，我责无旁贷，建军之事，却要有劳克强。为今之计，必须牢牢抓住武昌义军这支革命武装，千万不能坐视其被蒙山军消灭或招降。另一方面，三地要抓紧将民*队建立起来，此事则交给了陈其美、陈炯明、许崇智、李烈钧数人，以陈其美总其事。
陈其美表字英士。因为上海起义的成功，成为了孙文眼中的第一大功臣。会议虽然邀了浙江、江苏乃至广东的代表，但明确将主导权归于自己的嫡系。
至于建党，孙文认为同盟会已经完成了其历史使命。而且，近年来的斗争证明，同盟会缺少严明的组织纪律（这确是事实），难以承担领导全国完成革命的重任。因此，改组同盟会组建新党势在必行。建党的原则，必须强化对领袖的忠诚，这是革命成功的最关键条件。这件事，孙文交给了胡汉民和汪兆铭。
一样对全国巨变的形势兴奋不已的黄兴并不在意建党以及建国，他作为同盟会事实上的二把手，精力始终在军事上。黄兴问孙文。蒙山军怎么办？我们对他们采取何种政策？
孙文坚定地说，龙谦是同盟会的敌人，他们跟满清一样，是阻碍革命成功的绊脚石！当然，如果龙谦幡然悔悟。同意加入我民国政府，其部接受我的领导，过去的事，可以既往不咎。龙谦反清有功，未尝不可以在中央给予安置。
黄兴似乎不赞成与蒙山军为敌。他在军事上的造诣虽然有限，但比孙文要强的多！黄兴冷静地指出，造成眼下局势的不是同盟会。而是蒙山军！以区区万余武昌义军万难抵御龙谦的北伐大军。为今之计，与龙谦进行和谈联合建国方是正确的主张。若是与蒙山军为敌，只怕凶多吉少。
“克强兄！如何能挫自己锐气，长敌人威风？”与会的汪兆铭大声反驳，“龙谦不过是钻了我同盟会的空子而已。总理威望著于宇内，现在有总理主持大局。海内无不望风归顺。第八、第九两镇新军的起义就是明证。只要我们这边占据大义的高度，蒙山军不在话下。”
“说的轻巧！”陶成章是参加了这次会议的，立即对汪兆铭的话表示反对，“蒙山军可不只是广东湖南的这一股，山东、关外均有重兵！山东兵既然能打败北洋。实力岂容小觑？关外之兵已经破关而入，京师旦夕可下，其为何要接受上海的领导？我看你是痴人说梦！”
陶成章已接到秋瑾的亲笔书信，秋瑾奉龙谦之命，向他转达了龙谦对他的敬意，阐述了蒙山军协商建国的基本纲领。秋瑾自然没有少说自己的主张，认为蒙山军已是一支沛然难御的强大武力，龙谦有头脑，有手段，有气度，完全值得我们拥戴。秋瑾的信中明确表示，龙谦欢迎陶成章及浙江革命党加入蒙山军为主的联合政府。
陶成章虽然倨傲，但并非无知，他倒认为龙谦的态度不错，至少没有想着吃独食，想着打清一色，这就不错。本来陶就是地方领袖，从没想过会登“大宝”，蒙山军在势如破竹的军锋威逼下，仍然表示出愿意成立联合政府，这就很好。
不等汪兆铭反驳，陶成章站起来说，“反清大业已成，我陶某人这些年的辛苦总算没有白费，徐锡麟等同志的鲜血没有白流，浙江不愿与蒙山军为敌，我赞成黄克强的意见，应当立即与龙谦和谈，共商建国大业。孙先生若是执意要用武力消灭蒙山军，恕我不能相从。”
迎头被泼了一瓢冷水的孙文大怒，“你愿意走就走，革命不缺你一个。”
上海会议最终还是不欢而散。虽然强行通过了孙文的主张，黄兴出于维护同盟会团结及孙文领袖地位的一贯态度，勉强接受了赴武昌指挥武昌战事的差事，但心情极度郁闷。他也想离开上海，离开孙文的广东系人马，去前线未必不是一件好事。相比之下，宋教仁等人似乎更有共同语言。
孙文意识到武昌是当今局势的枢纽。北方鞭长莫及，但男方却是自己与龙谦角力的地方，所以，在黄兴动身前往武昌之前，孙文与其促膝谈心，力劝黄兴打消与蒙山军和谈的念头，孙文指出，我们胜在政治上的影响力，龙谦胜在武力暂时超过我们。这个局面需要时间来扭转，需要一场胜仗来扭转。我抓紧时间在东南组织政府及军队，你呢，一定要将龙谦挡在武昌之南。如果丢掉武昌——不管以什么方式，必然导致东南人心的巨变，转而对民国政府怀疑起来。所以，要抱定军事上对抗蒙山军的基本态度，让天下之人看到民国政府的实力才行。一味的和谈退让事实上就是投降，龙谦自1906年起，屠杀了多少我们的同志？怎么能相信他能够包容我们？没有了军队，我们这些人都将死无葬身之地！
这番话打动了黄兴。
接下来孙文马不停蹄地开动起来，在胡汉民、汪兆铭、陈其美等人的协助下整日开会，商讨建国建军建党大业，忙得不可开交。随即传来京师被蒙山军北方军占领，清廷出逃保定的消息，孙文愈觉时间急迫，连日催促黄兴急赴武昌主持大局，黄兴遂于9月9日离开上海，登上了前往武昌的江轮。就在同日，因生病暂未返回杭州的陶成章在上海一家教会医院被不明身份的凶手刺杀，身中四枪，当即毙命。凶手逃之夭夭。主持上海政务的陈其美亲自指挥了缉凶，但无果。宣布是满清余孽所为，发誓要抓到凶手，为陶成章报仇。
因为陶氏素与孙文不睦，且与陈其美多有龌蹉，世人多疑是孙、陈所为，其中陈其美嫌疑最大。因为上海光复，军警力量已基本掌控于陈氏之手，他是最有条件办这件事的。而据医院目击凶案的护士供称，凶手是两个人，操浙江口音，其中一人消瘦清癯。闻者认为面貌酷似陈其美结义兄弟蒋志清。但此事只是传闻，凶手已逃之夭夭，案子也就悬了下来。但陶成章毙命上海，却没有达成浙江与所谓临时政府的紧密合作，反而进一步导致了浙江势力与同盟会的分离。
待满清正式发出退位诏书，孙文认为时机已至，立即通电成立中华民国临时政府并出任临时大总统。发出的第一道“总统令”便是委任黄兴为武昌军政府大元帅，全权负责武昌军政。
国内局势再次为之一变。
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