在藏身处的众人还不知道这一切，甚至雾隐村的其他忍者也不知道。那个唯一幸存的哨兵在树上失眠了一整夜之后，第二天直接丢掉护额和忍具，捡了一身破烂的平民衣服，驾着船朝着海中央驶去，不知所踪。
暗部们按照计划，在第二天突袭了搜集物资的雾隐村忍者，虽然占据了天时地利人和，但还是产生了十几人的损失，这让伊鲁卡感到非常无语。第三天，驻扎在村庄的雾隐部队集中起剩余的人，开始朝着海边码头退去。暗部开始追击，而十二个新人也在四个上忍的带领下跟在后面观摩作战。只是，他们看到的情况是......
雾隐村的人首先来到码头，发现这里一片狼藉，像是发生过一场强烈的地震一样，地面都破碎不堪，他们的人一个都没出现。
跟在后面的暗部埋伏在树丛里，也一脸懵逼，特别是之前来侦查过的部队。
“发生了什么？”暗部队长问侦查部队。
“不知道，”侦查部队回答说，“我们前两天来的时候，这里还是平平整整的地面，有两栋房子在海边，还有栈桥，栈桥边还停着六条船。”
“房子和船呢？”暗部队长问。
“我怎么知道？”侦查部队说。
“算了，”暗部队长说，“敌人现在也乱了阵脚，我们上吧！”
进攻的信号被发出，一百多名暗部队员一拥而上，苦无、手里剑和各种水和火一起飞向敌人，紧接着，他们拔出了长刀，与敌人交战到一起。
伊鲁卡等上忍老师也趁机讲解着：“你们看，他们雾隐村的人都特别喜欢用刀，当然，在近身战中，有一把长度合适又攻防自如的武器也是很重要的，你们以后也可以根据自己的特点选择合适的武器......啊，有一小队人发现我们了，他们来了。”
“螺旋丸！”
“大火球之术！”
“木叶旋风！”
“八卦六十四掌！”
“升龙！”
“肉弹战车！”
“柔拳！”
“通牙！”
下忍们使出自己的招式，朝着这几个人攻击过去。因为敌人人数太少，而且都是些中忍下忍，所以很快就解决掉了。紧接着，暗部那边的战斗也结束了，虽然占据了天时地利人和，但还是产生了几十个人的损失，伊鲁卡已经懒得吐槽他们的战斗力了。
不过怎么说，木叶方面也是大获全胜。他们抓回的俘虏干净利落地说出了雾隐村的目的，他们就是看在木叶刚经历一次入侵，以为实力会大大减弱，才想到趁虚而入的。谁知道，他们在半路就遭到了木叶的反击，当然这还不是最恐怖的，最恐怖的是，码头边上那一百号人连带着六条大船，都去哪了？
他们押着俘虏，准备返回木叶的时候，再不斩和白在友谊一桥等着他们，为他们送行。伊鲁卡看到，这两人背后还有两个人，他们是......
“你小子不错啊，把螺旋丸的第二阶段练出来了。”自来也首先朝着鸣人打了招呼。
“自来也大人？纲手大人？”其他人都惊呆了，有些没见过他们的下忍在问这两人是谁。
鸣人一脸疑惑：“第二阶段？不是第一阶段吗？”
“哈哈哈哈哈！我之前骗你的，不过没想到，你真的学会了。”自来也说，“你在码头边的战斗我看了，那股查克拉......真的，你能在这么短的时间内做到这样真的很有天分。”
鸣人：“那，下一个阶段该怎么练习？”
自来也掏出了一个气球，吹起来，递给鸣人：“下一个阶段，你需要凝聚出跟之前一样多的查克拉，并且，要让这股查克拉全部聚集在这个气球里，不能让气球破掉。”
“不能让气球破掉......”鸣人接过气球，“我知道了。”
“做到这一步，你就彻底练成了。”自来也补充了一句。
“您收徒吗？”鸣人又一次问出了这个问题。
自来也：“等你练成了，再来找我。”
鸣人点了点头。其他人同再不斩和白互相寒暄完，并确定了木叶派出忍者帮助波之国建立忍者村，以及两国结盟的事情。
一众人回到了木叶村，向卡卡西汇报了战果。卡卡西先是肯定了大家的努力，然后让暗部先行回去休整，把伊鲁卡等四个上忍留在了办公室。
他看着暗部们离开的身影，从窗口走了回来，面色一变：“你们觉得暗部的战斗力怎么样？”
“啊？”迈特凯有点懵逼，但阿斯玛立即明白了他的意思：“我觉得......不怎么样。”
“嗯，”卡卡西说，“其实现在的暗部，问题很大。”
夕日红说：“实际上他们很多都是中忍水平，最高也只是特别上忍，你指望他们像我们一样也是不可能的。”
卡卡西：“这是原因，但是我认为，不能给他们找理由。暗部是我们的主要战斗力，一个村子的上忍数量有限，像我们这样有几十个上忍的，已经算是很多了。但是，战争不是单打独斗，很多时候还是要靠人数取胜。但是我们的暗部，目前的战斗力，实在是参差不齐。”
伊鲁卡开了口：“我认为这跟他们的职责有关。”
“职责？”卡卡西说，“具体说说。”
伊鲁卡接着说：“你想，他们又要执行明面上的战争任务，又要执行暗地里的偷袭暗杀，还要负责重要人物的护卫，平时有个什么事，随便哪个上忍都能调动他们。甚至，宇智波灭族之后，村子的治安工作也是他们，大到外敌入侵，小到流氓打架，都要他们管。虽然他们内部也有分组，但是这个分组太不明确了，而且不同组平时也还是一起训练的，战斗力比上不足比下有余是正常的。”
卡卡西：“对！你一说我就清楚了，这确实是我们目前的状况。我刚刚听你说完，就有了思路。”
四个人看着卡卡西坐回了桌子上，摊开纸，提起笔：“我打算挑选暗部里的精英，加上村子里一些平时比较空闲的上忍，组建一个新的部队，”他拿起笔：“就叫‘根’吧！”
说着，他在纸上写了一个大大的“根”字。
“如果说，木叶的其他忍者，是露出地面的树干和叶子，那么这个暗部精英部队，就是深深埋藏在地下的根，是我们的底牌。以后，所有涉及到作战、偷袭、暗杀这样的任务，统统由‘根’来完成。”
看来“根”组织还是出现了，伊鲁卡心想，虽然时间和创建人有了很大的差别，但至少也还是出现了。他看了看卡卡西写在纸上的那个“根”字，心里吐槽道，字真丑。
其他三个上忍也露出了同样的表情。