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1430年（宣德五年），宁远城（今辽宁兴城）筑成当年，原籍安徽的军官祖庆率全家老小迁居至此，世代繁衍，世袭明朝宁远卫军职并不断提升，成为宁远望族。
祖大寿的父亲祖承训，号双泉，是明朝万历年间镇守宁远的援剿总兵官祖仁的次子。随辽东（今辽宁东部和南部及吉林省的东南部地区）总兵官、宁远伯李成梁东征西伐，因抵御蒙古骑兵作战有功，不断得到提拔，出任辽东副总兵。[3]
祖大寿于1620年（泰昌元年）为官，授职靖东营游击，曾被经略熊廷弼上奏表彰。1621年（天启元年）为广宁（辽宁北镇）巡抚王化贞部属，任职中军游击。[4-5]
宁锦大捷
参见词条：广宁之战、宁锦大捷
1622年（天启二年），后金与明朝发生了广宁之战，明军战败，后金□□哈赤占领了广宁，祖大寿带领部队避到觉华岛。大学士孙承宗督师，以大寿辅佐参将金冠守觉华岛。
1623年（天启三年），孙承宗和袁崇焕修筑宁远城墙，祖大寿负责宁远城工程，将城墙加高增厚，加强防守功能。
1626年（天启六年）正月，□□哈赤攻宁远，被守城的祖大寿的将士用大炮炸伤，大败而退的□□哈赤不久后伤重不治，皇太极继位。大败后金军之后，祖大寿以军功升副总兵。
1627年（天启七年）农历五月，后金皇太极率军再攻宁远。袁崇焕令祖大寿带领精兵四千人绕到敌后，总兵满桂、尤世威等率军至敌前形成犄角之势，和清兵激战于宁远城下。同年农历六月，清军败走，是为著名的“宁锦大捷”。
1628年（崇祯元年），明朝任用袁崇焕督师辽东。同年农历六月，祖大寿升为辽东前锋总兵，挂征辽前锋将军印，驻守锦州。[6]
后金皇太极曾经给祖大寿写信，商议派遣使者吊唁明熹宗之丧，并且恭贺新君崇祯登基，祖大寿回信拒绝了皇太极的要求。[7]
满门皆荣
随着祖大寿地位的迅速上升，祖氏满门都获封官职。祖大寿的兄弟祖大乐、祖大成、祖大弼，子侄祖泽远、祖泽沛、祖泽盛、祖泽法、祖泽润、祖可法等，都是上自总兵、下至副将、参将、游击的各级军官，分驻宁远、大凌河（今辽宁凌海市）、锦州诸城。为表彰祖氏世代镇辽的功勋，明朝崇祯皇帝即位后，特命于宁远城内敕建祖氏四世镇辽的功德牌坊。[4]
己巳之变
参见词条：己巳之变
皇太极打锦州、宁远不下，便改变了战略，于1629年（崇祯二年）农历十月率十万大军从蒙古方向攻入长城，一直打到北京城下。当时，明朝军队主力都在山海关外布守，袁崇焕急率祖大寿驰援北京城，并在广渠门外与皇太极展开激战。孤军深入的皇太极怕袁崇焕与北京城内外合击，不得不撤军而走，清人销毁明朝的大量原始记载，为神化自己编造谣言说临走时布下所谓反间计。崇祯皇帝将袁崇焕下狱问罪，祖大寿既寒心又愤怒，率部东走，崇祯皇帝无奈之下让袁崇焕写信招回祖大寿，孙承宗也遣使抚慰，请祖大寿立功赎袁崇焕之罪，祖大寿便又回到了关内。[8]
收复永平
1630年（崇祯三年）春，后金军攻克明朝永平等四城，皇太极听说祖大寿的族人居住在永平三十里村，就命令军队去抓人，得到祖大寿一个侄子及其亲戚家属。皇太极给祖大寿侄子一所住宅，并派兵监视。
不久，崇祯皇帝命令祖大寿与山西总兵马世龙、山东总兵杨绍基会师，率领副将祖大乐、祖可法、张弘谟、刘天禄、曹恭诚等进攻滦州，攻取滦州之后，进逼永平，贝勒阿敏等丢弃四处城池领兵返回后金。于是，祖大寿又回到锦州前线防守。但祖大寿从不只身离开军营，生怕叫东厂的特务抓了去。[9]
大凌河之战
1631年（崇祯四年）农历七月，祖大寿奉命于大凌河筑城保卫锦州，在他修了不到半个月，城墙雉堞还没修完时，皇太极大军便兵临城下，将大凌河城包围。祖大寿只好关闭城门，仓促应战。
城中粮草仅够几天之用，围了不几天城中就断粮了。城中将士无不惊恐万状，祖大寿作过几次试探性的突围，都被金兵杀了回去。无奈之下，只好坐困愁城，盼着援兵。
皇太极在围困大凌河城十天后，便开始了对祖大寿的劝降工作。但祖大寿不为所动，对皇太极根本不予理采。
皇太极为了进一步消耗城中的有生力量，搞了一次假增援，祖大寿盼望援军心切，急忙率军出城相迎，欲前后夹攻，实现突围，结果上了大当，被杀得大败，损失十分惨重，祖大寿再也不敢出城应战。
皇太极于1631年（崇祯四年）农历十月七日和十月九日这两天先后致书祖大寿、何可纲、副将张存仁，劝其速降。但仍遭到祖大寿的拒绝。
于是皇太极又亲自写信给祖大寿，他解释说：“过去杀辽民确有其事，我深为懊悔，我们早就不那样做了。至于永平屠城那是二贝勒阿敏所为，他因此也受到了严惩，希望你不要存此偏见。但祖大寿等还是不信。
明军几路救兵四次援救，都被后金军击败。祖大寿的多次突围也没有成功。大凌河城被围了三个月，城内的粮食吃完了就杀马吃，马吃没了，就杀人相食。大凌河城百姓被充作军粮杀尽。
1631年（崇祯四年）农历十月初七，皇太极再次致书祖大寿，又派降将姜新赴城中面谈。祖大寿派出一位叫韩栋的将领到金营中谈判。农历十月二十五日，祖大寿最后下了决心，他邀后金将领石廷柱进城商议降金事宜，当晚祖可法、祖泽润、刘天禄、张存仁等四人随石廷柱一同到了金兵大营，皇太极亲自迎接，四人跪倒便拜。皇太极急忙上前一步搀扶，以女真人最高贵的礼节抱腰礼相见。然后设盛宴款待，四人被请至座中。
1631年（崇祯四年）农历十月二十八日，祖大寿杀死宁死不降的何可纲，大开城门，率众将来到金营。皇太极与代善、莽古尔泰及众贝勒众大臣，一齐隆重迎接祖大寿一行。后双方登坛发誓祭天，盟誓祭天毕，皇太极携祖大寿手进入大帐，为祖大寿设宴庆贺。[2]
逃回锦州
投降后的祖大寿向皇太极建言：自己妻子儿女均在锦州城里，趁锦州不知自己已经投降，愿带一支兵马去锦州，在城里当内应，夺取锦州城。皇太极同意放祖大寿去锦州城。
祖大寿一回到锦州城就组织防御，抗击清军。辽东巡抚丘禾嘉向朝廷参奏祖大寿率队献城投降，崇祯皇帝不仅没有降罪，反而提升祖大寿为左都督，领锦州。
崇祯皇帝三次下诏，命祖大寿进京觐见，祖大寿都借故推辞，始终坚守在锦州城里。
后金方面，皇太极三番五次派密使前来，提醒祖大寿不要忘记以前的约定，即刻动手夺下锦州城。祖大寿以各种理由搪塞，并且多次与清兵激战。皇太极对留在后金军营中的祖大寿之子祖可法等人，一直以礼相待，并且频繁给祖大寿写信。
1638年（明崇祯十一年，清崇德三年）农历十月，皇太极亲自率领部队进攻明朝，率领郑亲王济尔哈朗、豫亲王多铎出宁远、锦州大道；睿亲王多尔衮为左翼，自青山关入；贝勒岳讬为右翼，自墙子岭入。祖大寿在中后所（今辽宁绥中县城）屯兵，领兵偷袭多铎，多铎战败。第二天，多铎与济尔哈朗合兵出战，祖大寿收兵回中后所。不久，皇太极亲自来到中后所，派使者给祖大寿带话：“自大凌河一别后已过数年。我不畏艰苦而来，就是希望与将军见上一面。至于将军是归降我大清还是仍留在大明，绝不勉强，将军自己决定去留。上次是我释放了将军，如借会见之名诱捕将军，我还凭什么取信天下之人呢？这些年将军虽然屡次率队与我军发生冲突，但我知道你是在执行命令，尽自己的职责，我不会放在心上的，请将军不要怀疑。”
第二天，皇太极又命令释放抓获的明军俘虏，并让他带信给祖大寿。信上说：“我在大凌河释放了你，我的大臣都说我看不清人。现在，将军应该出城与我相见，证明我没有看错你。如果将军不放心，我们各带一两名亲信随从，在两营的中间处会晤。我这么做，只是为了自我解嘲罢了，同时也让将军的子侄和大凌河的将帅都知道将军是履行诺言的人。”
祖大寿却始终没有露面。