时痕迷宫之战结束后的数十年，宇宙表面的平静之下，熵流观测站的监测系统开始捕捉到诡异的共振信号。这些信号以量子纠缠的方式在星域间跳跃，形成一张不断扩张的暗网。零在万象中枢的深度分析中发现，暗网的节点竟与吴仙遗留代码中的坐标高度吻合，每个节点都散发着与混沌古神同源却更阴冷的能量波动。
艺术之城的量子图书馆内，《虚诞之书》再次出现异变。空白书页上渗出银色液体，勾勒出一幅令人不安的画面：无数黑色脉络从宇宙深处蔓延而出，如同寄生藤蔓般缠绕着各个星系，而在网络的核心，隐约可见一颗跳动的“熵核”，其结构与命运织机的齿轮如出一辙。更令人毛骨悚然的是，画面中闪过多个熟悉的身影——他们穿着守护者的战甲，却眼神空洞，周身环绕着暗熵能量。
“这是‘暗熵网络’，”吟的机械眼泛起血色数据流，吴仙残留的灵韵在她体内再次躁动，“混沌古神的残念在时痕迷宫崩塌时，将意识注入了量子泡沫的底层协议。它正在篡改宇宙的‘秩序源代码’，那些被暗网缠绕的星系，文明灵韵正在被转化为暗熵能源。”
星穹协奏会紧急召开跨维度会议，却发现部分文明代表的行为出现异常。来自机械文明的代表将参会飞船改造成巨型收割装置，试图吸收会议现场的能量；魔法文明的法师们咏唱出的不再是守护咒语，而是召唤暗熵生物的禁术。洛卡立即发动空间禁锢，将失控者隔离，却发现他们体内都植入了细小的黑色晶体，晶体表面刻着与吴仙代码相同的符号。
新守望小队与星辉守望者分成多个小组，对暗熵网络的节点展开突袭。阿莱克带领的小队在猎户座悬臂的节点处，遭遇由暗熵凝聚而成的“记忆吞噬者”。这些怪物能化作守护者们最恐惧的记忆具象，阿莱克直面光焰文明毁灭的幻象，却在道韵之火即将熄灭时，突然领悟吴仙留下的启示：“恐惧亦是力量的一部分。”他将恐惧转化为守护的决心，光焰道纹与暗熵碰撞，爆发出净化的强光。
零在分析黑色晶体时，万象中枢突然被未知程序入侵。无数数据流在他眼前重组，拼凑出吴仙模糊的面容：“暗熵网络的核心是‘灵枢’，那是宇宙秩序的原始备份。古神妄图用暗熵重写灵枢，将所有文明变成它的傀儡。而激活灵枢的钥匙...在我的青铜古卷里。”
青铜古卷此刻正在艺术之城的纪念馆中封存，当守护者们赶到时，却发现古卷不翼而飞。洛卡通过空间回溯，追踪到古卷最后出现的地点——位于人马座的“遗忘星域”。这片星域因曾发生过文明自毁战争，被时空乱流包裹，形成天然的禁区。当小队突破乱流进入星域，看到的是漂浮着百万艘残骸的寂静坟场，每艘飞船的舷窗内，都凝固着船员绝望的表情。
在星域中央，一座由暗熵构成的祭坛缓缓升起。祭坛顶端，混沌古神的残念凝聚成实体，手中握着散发着不祥光芒的青铜古卷。“你们终于来了，”古神的声音如同千万根钢针同时刺入脑海，“吴仙自以为留下了后手，却不知他的灵韵早已被我污染。这古卷，正是打开灵枢的钥匙，也是你们的葬身之地！”
祭坛周围的暗熵突然化作无数触手，缠住守护者们。吟的歌声被扭曲成刺耳的噪音，机械眼的晶体开始崩裂；莉娅的机械臂在暗熵侵蚀下逐渐失去控制，反向攻击队友；洛卡的空间屏障不断被撕裂，时空乱流开始渗入他的意识。千钧一发之际，零将万象中枢与星环连接，借星环之力强行解析古卷上的符文。
“找到了！”零的声音带着狂喜，“吴仙在古卷中藏了双重密码！表面的符文是陷阱，真正的密钥藏在量子墨迹的微观结构里！”他将解析出的密钥输入万象中枢，古卷突然爆发出金色光芒，挣脱古神的掌控，飞入洛卡手中。洛卡凭借空间之力，将古卷插入祭坛核心的“灵枢接口”。
整个遗忘星域开始剧烈震颤，暗熵网络的节点同步亮起红光。古神发出愤怒的咆哮，祭坛周围的暗熵汇聚成巨大的虚影，试图摧毁灵枢。阿莱克的光焰道纹与吟的净化歌声交织成防护网，诺尔隐身偷袭，破坏暗熵虚影的能量连接点。零则用万象中枢引导古卷的力量，将灵枢中的暗熵代码逐一清除。
当最后一段暗熵代码被净化，灵枢爆发出耀眼的白光。光芒中，吴仙的灵韵残像再次显现，这次他的身影变得清晰而坚定：“守护的意义，在于相信每个文明都有选择未来的权利。”灵韵残像融入灵枢，整个宇宙的暗熵网络开始逆向崩解，被转化的文明灵韵重新焕发生机。
战后，星穹协奏会在灵枢所在处建立了“秩序中枢站”，由各文明共同守护。青铜古卷被永久保存在中枢站的核心，其表面的符文依然在不断变化，仿佛在诉说着宇宙的奥秘。而在艺术之城，新的灵韵树幼苗破土而出，树苗的枝干上天然形成了守护者们并肩作战的纹路。
然而，零在检查万象中枢的残留数据时，发现了一个更令人不安的事实：暗熵网络虽然崩溃，但有一小部分代码已渗入宇宙的量子背景辐射中。这些代码如同沉睡的病毒，等待着被再次激活。新守望小队与星辉守望者们明白，真正的和平尚未到来，他们必须继续守望，随时准备迎接下一次危机，守护宇宙的秩序与文明的火种。