年轻学员带着小队返程，在飞船上他凝视着宇宙星空，心里默默发誓，无论前方还有多少未知的基因挑战，他都会勇往直前，守护宇宙基因安全的信念永远不会动摇。
回到学院后，年轻学员并没有休息多久。一天，他在学院图书馆查阅古老文献时，发现了一本古籍提到一种特殊的基因共鸣现象，据说这种现象一旦发生，可能会引发跨星系的基因连锁反应。正当他深入研究这一记载时，学院的监测系统又传来警报声。
原来是距离学院不远的一个星云内部出现了大规模的基因共鸣迹象。年轻学员立即召集精英小队奔赴星云。到达星云附近，他们发现这里的光线色彩诡异，时空仿佛也受到了影响。
年轻学员带领小队小心翼翼地进入星云内部探查。在星云中心，他们看到一个巨大的基因旋涡，不断闪烁着奇异光芒。年轻学员推测这可能是古代某个强大种族留下的基因遗产被意外触发所致。
他利用自己丰富的基因知识，计算出阻止共鸣扩大的节点位置。然后，年轻学员不顾危险，只身飞向节点处，施展出强力的基因阻断技能。经过一场惊心动魄的操作，基因共鸣渐渐平息下来。年轻学员疲惫但欣慰地带着小队返回学院，继续准备迎接下一个基因挑战。
回到学院没多久，年轻学员在一次日常巡查中，发现学院的基因储存库有些许异动。他赶忙带人检查，竟发现有一小部分基因样本有被复制的痕迹。经过细致排查，锁定了一名新入学不久的学生。年轻学员不动声色，暗中观察这名学生的一举一动。原来这名学生是敌对阵营派来的卧底，企图窃取更多基因机密。
年轻学员将计就计，修改了即将被窃取的数据，换成了一段看似高深实则毫无用处的基因乱码。当卧底把数据传回去时，敌方势力兴奋不已，按照所谓的“机密”进行实验，结果引发了一场小规模的基因爆炸，损失惨重。
年轻学员趁机带领精英小队出击，一举捣毁了这个妄图染指学院基因技术的敌对势力据点。此后，学院进一步加强了人员审查制度。而年轻学员依然每日沉浸于基因研究之中，他知道，在这充满未知的宇宙基因探索之旅上，新的危险随时可能降临，唯有不断前进、不断防范，才能护得学院与宇宙安宁。
一日，年轻学员在研究室工作时，监测系统突然提示有微弱的基因能量波动从学院外一处废弃仓库传出。他带上精英小队前去查看。到达仓库后，发现里面满是废旧机械和一些可疑的基因实验器具。在角落，有一个小型的基因反应堆在不稳定地运转着。
正当他们研究时，周围涌现出许多机械傀儡。这些傀儡似乎被预设了保护反应堆的程序，对着他们发起攻击。年轻学员指挥小队分散开来，他利用高超的基因操控技巧，入侵傀儡的控制系统。但这些傀儡背后似有更高智能在抵抗他的入侵。
突然，他发现这些傀儡的动力来源与之前遇到的某股邪恶势力有关联。年轻学员集中精力，找出傀儡群的核心控制器，然后全力发射基因脉冲将其摧毁。傀儡瞬间停止动作，反应堆也随之停止运转。
年轻学员意识到，宇宙中残留的邪恶基因势力仍未肃清，他决定加大对周边地区的巡逻力度，以防再有类似的危险悄然滋生。