在积极反思与调整战略的同时，多元宇宙文明联盟的科研团队在巨大的压力下奋勇攻坚，终于迎来了一系列关键的科技突破，多款新型武器应运而生。
针对新种族飞行器能量推进系统的干扰装置取得了重大改进。科研人员通过对新种族能量波动的更深入研究，发现了其能量转换过程中的一个隐藏的量子层面的特征。利用这一发现，他们对干扰装置进行了量子化改造，使其能够更精准地干扰能量推进系统的核心量子态，从而实现了更为稳定和持久的干扰效果。经过多次模拟测试，新型干扰装置在面对新种族可能采取的多种反制措施时，依然能够保持高效运作，大大降低了新种族飞行器的机动性，为联盟舰队在后续战斗中占据主动创造了有利条件。
在抵御电磁脉冲干扰方面，科学家们成功研发出一种基于超导体和量子屏蔽技术的复合防护层。这种防护层能够在电磁脉冲来袭时，迅速调整自身的电磁特性，有效屏蔽电磁脉冲对电子设备的干扰。将其应用于联盟战舰和武器系统后，即使在新种族强大的电磁脉冲攻击下，关键电子设备仍能正常运行，确保了武器系统的稳定性和作战能力。
基于引力波原理的武器研发也取得了突破性进展。经过无数次的理论推导和实验验证，科研团队成功研制出一种小型化的引力波发生器。该发生器能够产生高强度的定向引力波束，当引力波束击中目标时，会引发目标物体内部结构的剧烈共振，从而造成毁灭性的破坏。在对新种族飞行器和机械战甲的模拟攻击测试中，引力波武器展现出了惊人的威力，能够轻易突破其坚固的外壳和能量护盾，对内部关键部件造成严重损坏。
此外，为了应对新种族在地面作战中的机械战甲，科研人员研发出一种名为“纳米虫群武器”的新型武器。这种武器由无数微小的纳米机器人组成，它们可以通过空气中的分子作为载体，悄无声息地接近目标。一旦接触到新种族的机械战甲，纳米机器人会迅速附着在战甲表面，并利用自身携带的特殊酶和微型工具，对战甲的电子线路、动力系统和关节部位进行破坏。纳米虫群武器不仅能够有效削弱新种族机械战甲的战斗力，还具有极强的隐蔽性和适应性，能够在各种复杂的战场环境中发挥作用。随着一系列新型武器的问世，多元宇宙文明联盟士气大振，决定抓住时机发动联合反击，力求扭转战局。
联盟精心策划了一场大规模的反击行动。联合舰队在经过重新整编和战术演练后，以全新的战斗姿态投入战斗。此次行动中，各舰队之间的协同配合更加默契，信息传递更加流畅，基于新型武器的特点制定了更为灵活多变的战术。
战斗开始，联盟舰队首先利用新型干扰装置对新种族的舰队发动攻击。经过量子化改造的干扰装置发挥出强大威力，瞬间让新种族大量飞行器的能量推进系统陷入混乱。这些飞行器顿时失去了高机动性，在宇宙中如同失去方向的飞鸟，成为了联盟舰队的活靶子。
与此同时，装备了复合防护层的联盟战舰毫无畏惧地向前推进，其武器系统在电磁脉冲干扰环境下依然稳定运行。升级后的激光武器和粒子束武器与新研发的引力波武器相互配合，对新种族的飞行器和战舰发动猛烈攻击。引力波武器发射出的高强度定向引力波束，如同一把把利刃，轻易穿透了新种族飞行器坚固的外壳和能量护盾，对其内部结构造成严重破坏。激光武器和粒子束武器则对受损的目标进行补刀，确保将其彻底摧毁。
在地面战场上，纳米虫群武器大显身手。当新种族的机械战甲再次发动进攻时，纳米虫群武器被悄然释放。无数微小的纳米机器人如幽灵般迅速接近目标，附着在机械战甲上后，立刻展开破坏行动。它们对机械战甲的电子线路、动力系统和关节部位进行精准打击，使得新种族的机械战甲纷纷失去行动能力，许多战甲甚至直接瘫痪在战场上。联盟地面部队趁机发动反攻，凭借着灵活的战术和顽强的战斗意志，逐步收复失地。
新种族面对联盟突如其来的强大反击，一时间陷入了混乱。但他们很快调整了战术，试图组织起有效的防御。然而，联盟舰队不给他们喘息的机会，突袭舰队从侧翼迅速穿插，打乱了新种族的防御阵型。同时，联盟的太空战机也倾巢而出，与新种族的飞行器展开近距离空战。在新型武器的支持下，联盟战机在空战中占据了上风，不断击落新种族的飞行器。