噶尔丹在打败了阿尔尼之后，这次的胜利增强了他的信心，当然这场战争也没有蒙蔽了他的双眼，所以他决定撤退。但是康熙皇帝拿出来了他的看家本领，是啥，忽悠，他假装对噶尔丹进行招抚，并给噶尔丹送去了食物和金银，使得噶尔丹错过了最佳的撤退机会，但是清朝大军不会给你这个机会，等清朝的大军一到，便切断了噶尔丹的退路，最终将他围困了起来。
其实康熙皇帝早就知道这个噶尔丹早晚和自己有一战，所以他很早就做了准备，第一个准备就是为了给康熙大军北征创造好的条件，于是和沙俄在谈判中做出了很大的让步，承认了沙俄对尼布楚的占领，还告诉沙俄，我已经给足了你面子了，如果你敢帮着噶尔丹对付清朝，那我就和你全面开战，当时的沙俄正在全力对付土耳其，于是说没有，我从来没想过跟清朝对着干。你们和准噶尔怎么打我不管，这样在国际上康熙夺得了先手。关于跟沙俄打仗这方面的剧情我会在后面的章节中给大家讲出来。
第二个就是在内部分裂准噶尔汗国，自古以来，最坚固的堡垒是从内部攻破的，他知道准噶尔的噶尔丹在东征的时候怕僧格的儿子叛乱，于是想将他们屠杀，小儿子被他杀了，但是大儿子策妄阿拉布坦带领着5000精兵逃脱了噶尔丹的追击，还听说策妄阿拉布坦的未婚妻还被噶尔丹给霸占了。于是派使臣前往伊犁跟策妄阿拉布坦结成了联盟，随着策妄阿拉布坦的归顺，他也准备对噶尔丹动手了。其中喀尔喀的在噶尔丹的屠刀下好多部众选择了南迁，而且策妄阿拉布坦还把老家给偷了。这就让让噶尔丹的给养出现了问题，甚至还有的史书写着蒙古高原上出现了人吃人的情况，反正噶尔丹的补给是出现了问题了。
第三个准备就是大量的调集军队和粮食，准备打击噶尔丹。在康熙的布置下，形成了一道密集漫长的防线，从呼伦贝尔到甘肃，每个地方都有康熙的军队，使得噶尔丹没有一点机会。
于是噶尔丹企图跟清朝和解，噶尔丹就主动给康写信啊，说其实我呀。这个没有和您打仗的意思啊，你看以后您就管着南方我管北方我给你在北方看家护院你看咋样。其实这个康熙皇帝是断然不会同意的，但是康熙皇帝还是开始忽悠于是回信给噶尔丹，说理解理解，这理解万岁，但是呢，现在的北方不是你一家，要不这样吧啊，由我来召集你们所有蒙古人啊，咱开个大会，到时候呢，邀请各部首领都来参加，但是其他的首领跟你是有矛盾的。那咱就在大会上讨论解决，你看着咋样。
想想康熙皇帝真的是如他所说要调节吗，当然不是，康熙皇帝多精啊，这只是他的缓兵之计。目的就是不让噶尔丹撤退，所以说呢，噶尔丹等来的是倾巢而出的清军主力。
这一次康熙皇帝御驾亲征，想当年三藩之乱，震动半个中国。康熙皇帝都没有御驾亲征，小小一个噶尔丹皇上就御驾亲征，可见他对于这个蒙古地区的重视啊，对于蒙古人那种担心，所以康熙皇帝亲自率军进驻这个波罗河屯。内蒙古的正蓝旗这个地方随后在清军逼迫之下，准噶尔整军前往乌兰布通，由于地势的原因。噶尔丹只能把营地驻扎在山坡上，这么一来，军队东西两翼没有遮挡物咋整呢？噶尔丹想了个招啊，命令手下把一万多头随军的骆驼绑上脚趴在地上。背上那个箱垛，蒙上湿毡，为了抵挡火枪，火炮形成了一座驼城，就这样到了康熙二十九年八月初一，清军的统帅原本是康熙，但是康熙途中生病了，于是便由福全统领全军。清军到达乌兰布通，对这个准噶尔军就发起了猛攻。以这个火器兵为前列集中火炮轰击准噶尔军的驼城，随后派步兵正面冲杀，接着再由骑兵左右迂回夹击。如此一来，大破准噶尔军噶尔丹。向东方进军的计划，最后以惨败收场，只好仓皇逃回了科布多。
此次战役，清军的伤亡也是不少，内大臣佟国纲也在战斗中中枪身亡清军伤亡较大的原因是没有很好的地形条件，而且不习战阵，队伍排列的又非常的紧密。而且当时的八旗军队的战斗力已经下滑的很严重了没有当时摄政王多尔衮带领的那种猛追猛打的那股劲头了，噶尔丹退守山顶后，福全感觉易守难攻，于是下令停止进攻全军休整了。噶尔丹见清军开始松懈了，于是假意和谈，开始麻痹清军，当康熙收到了噶尔丹的和谈信件时，直接下令福全开始全面进攻，但是这个时候的噶尔丹已经冲出了包围圈撒丫子溜了，逃到了漠北，这就让清军还得花大力气去征讨他。
回到大本营的这个噶尔丹呐，并不甘心就这么败在清朝手下，所以暗地里召集旧部。然后这个联系沙俄图谋在举，但是常年征战使国力消耗非常大。准噶尔布开始闹饥荒了啊，老百姓民不聊生，苦不堪言，并不是发动战争的这个好时机，因为这个时候的他就剩下了几千的军队了。
所以噶尔丹权衡一番利弊。只好呢，先厚着脸皮派使者去跟清朝认错。康熙一看，准噶尔了使者来。态度还挺诚恳，就写了封信给这个噶尔丹，说现在喀尔喀已经是我大清的疆土了，你以后不再碰喀尔喀一人一畜，朕宽宏大量，过去的事儿就过去了，往事随风了。并且呢，再次强调了大清。公正无私啊，主持正义，拥护和平，这么个立场，其实大家心里都明镜儿似的。谁也不傻。无论是准噶尔还是大清，都没怎么把对方的说辞当真。
其实，在加紧备战与此同时，清廷这边儿呢，也准备在多伦托尔召开这个多伦会盟大会，不过这次召开大会的主要目的并不是为了调和蒙古各部的矛盾，而是宣告喀尔喀正式成为清帝国的组成部分啊，原来它只是藩属。每年进贡八匹白马，一匹白骆驼，所谓九白之贡，现在不行啦，你正式是大清的领土啦，所以康熙三十年5月1号大会如期举行，喀尔喀蒙古划分为了36个旗，就这样纳正式纳入大清版图。
三年之后，也就是康熙三十三年公元一六九三年，清廷召噶尔丹前来会盟，结果噶尔丹抗命不治，反而呢？这个遣兵侵入了喀尔喀向东，一路掠夺到了克鲁伦河流域的车臣，然后呢，沿河而下进驻巴彦乌兰，就是今天蒙古国首都乌兰巴托东南的地区。康熙皇帝得到这个消息之后，立马就坐不住了啊！喀尔喀蒙古以前不是我的地盘儿也就罢了，那我主持一下正义。现在已是我大清疆土，你还敢来这个，那就说不过去了，所以康熙心中非常清楚，准噶尔比任何叛乱者都恐怖。一旦出现能号令，整个蒙古各部的大汗，那必然将是大清帝国的掘墓人啊，这家伙身上有着当年成吉思汗的影子，绝不能让这种事情发生。
出现历来对中原王朝构成严重威胁的势力，都是来自蒙古高原，所以绝不能让这种事儿这个出现。
于是康熙皇帝决定要彻底解决噶尔丹这个心腹大患。