尽管拉顿的实力实在难以令人恭维，其表现也着实令人大失所望，最终未能如愿地拖住基多拉前进的步伐。然而，为了能够彻底制服这只顽强抵抗的拉顿，基多拉亦被迫无奈地降低了自身原本高高在上的飞行高度，致使它那无比巨大且沉重的身躯逐渐靠近波涛汹涌的海面。就在此刻，一直在海中紧追不舍、苦苦寻觅着最佳攻击时机的哥斯拉，犹如一头蛰伏已久的猛虎般骤然发动袭击！只见它猛然跃出水面，张开血盆大口死死咬住了基多拉其中的一颗脑袋，并凭借强大的力量硬生生地将基多拉整个儿拖拽进深邃无垠的大海之中。
倘若说广袤无垠的天空乃是属于基多拉的主战场，那么波澜壮阔的海洋无疑便是哥斯拉称雄称霸之地。在这片熟悉得不能再熟悉的领域内战斗，哥斯拉如鱼得水，充分发挥出自身得天独厚的主场优势，轻而易举便成功咬断了基多拉左侧那颗狰狞可怖的头颅。刹那间，猩红的鲜血如同喷泉一般从伤口处喷涌而出，瞬间染红了周围一大片海域。
紧接着，这两头体型硕大无比的巨兽在茫茫大海深处展开了一场惊心动魄、生死攸关的激烈鏖战。在被基多拉的引力光线照亮的海水中，它们相互纠缠厮打在一起，每一次撞击都引发滔天巨浪，仿佛要将整个世界都吞噬殆尽。而在此过程当中，基多拉曾数次企图挣脱束缚逃回天际之上，但每次都被早有防备的哥斯拉及时察觉并果断出手阻拦，迫使它只能继续留在汪洋大海之中与哥斯拉决一死战。
与此同时，在战场的另一侧，人类军队面色凝重地搬出了他们精心研制多时、视为终极杀器的神秘武器——氧气毁灭者。这一秘密武器凝聚了人类科技的精华与心血，其设计初衷便是要借助它来摧毁特定区域内的所有氧气分子，进而杀死还是地球生物的泰坦巨兽。军方希望用这个秘密武器将哥斯拉和基多拉这两只庞然大物置于死地。
帝王组织见状大惊失色，深知此举可能带来无法预料的后果，于是匆忙上前试图阻拦军方的行动。然而，军方早已下定决心，对帝王组织的劝告充耳不闻，毅然决然地按下了启动按钮，发射出了那威力惊人的氧气毁灭者。
刹那间，只见一道耀眼的光芒划破天际，径直坠入哥斯拉与基多拉激战正酣的海水中。紧接着，一阵惊天动地的巨响传来，仿佛整个世界都为之颤抖。伴随着剧烈的冲击波，大量的水花腾空而起，形成一片遮天蔽日的水雾。
当硝烟渐渐散去，人们惊恐地发现，原本波涛汹涌的海面此刻变得异常平静，无数条鱼儿翻着肚皮漂浮在水面上，显然已经失去了生命迹象。而刚才还打得难解难分的哥斯拉和基多拉，此时竟也毫无声息不知生死。
正当众人皆以为这场惊心动魄的战斗以两败俱伤收场之时，突然间，原本风平浪静的海面再度掀起波澜。只见基多拉如同一道闪电般从海中猛然窜出，张开巨大的翅膀，向着天空疾驰而去。它那狰狞的面容透露出无尽的愤怒与威严，仿佛在向世人宣告：我才是这片天地的主宰！
氧气毁灭者居然对基多拉无效，这时候帝王组织的飞行航母里，一个工作人员从数据库里记录的古老壁画上找到了端倪。根据壁画上记载，基多拉是从天上降临的巨龙，也就是说，基多拉这货压根就不是地球本土物种，而是外来入侵的宇宙生物，其生理构造与地球生物有很大区别，对于氧气，根本没有地球生物那么需要，甚至基多拉的身体组织里有没有氧气分子也要打个问号。怪不得氧气毁灭者可以重创哥斯拉，而基多拉除了被哥斯拉咬掉一个头，根本没收到伤害。
这下完蛋了，原本还有哥斯拉可以对抗基多拉，可因为人类自己作死，没有干掉基多拉反而重创了哥斯拉，哥斯拉到现在都没什么反应，估计已经凉了。不过人类还没有绝望，因为应龙在赶来的路上了，人类是知道应龙庇佑了骷髅岛的，人类认为应龙是善良的泰坦巨兽，因为哥斯拉可能已经凉了，所以在人类心里应龙是战胜基多拉最后的希望了。
基多拉从海里冲了出来，拖着受伤的身体飞到了拉顿沉睡的火山上，此时基多拉左边被哥斯拉咬掉头颅的脖子的断面创口已经被一层透明的白膜包裹。透过白膜可以看到里面有骨头和血肉在快速再生。基多拉中间的头颅用嘴咬住包裹在断面创口上的白膜，把它从创口上撕了下来。创口上先是一条舌头伸出，接着是森白的下颌骨然后是上颌骨，紧接着就是血肉再生，最后是金黄色的鳞片重塑，一个新的头颅在基多拉强悍的再生能力下快速再生。不过也许是再生的，这个新头颅和另外两个头颅比有些呆头呆脑。
很快，基多拉身上的伤就被它凭借自己强悍的再生能力恢复了。恢复了伤势的基多拉，接下来的动作却仿佛在进行什么神秘的仪式一样，只见基多拉将自己的双翼展开高举，三个龙头仰天发出清越悠扬的龙吟，伴随着神秘的波动快速席卷全球。这是阿尔法级别的泰坦巨兽的独有技能——阿尔法召唤
位于世界各地的泰坦巨兽们似是在回应基多拉的龙吟，全部从沉睡中苏醒，开始活动起来，向着基多拉的所在汇聚。此情此景仿佛一位王者召唤自己的臣民觐见一样。
此时，帝王组织的飞行航母里，显示屏上许多形态不一定泰坦巨兽们开始横穿城市。繁华的城市和其中的高楼大厦在泰坦巨兽们面前，脆弱不堪，被轻易推倒践踏。帝王组织所有人都知道是基多拉唤醒了地球上的泰坦巨兽们，但是所有人都在思考基多拉唤醒泰坦巨兽们的目的究竟是什么。
洛亚说出了答案，“基多拉唤醒并且召唤泰坦巨兽的目的是重塑地球生态系统。基多拉毕竟是外来入侵者，对于地球环境肯定不适应，基多拉召唤泰坦巨兽的目的是为了改造重塑地球生态系统，使其更加适合基多拉生存。毕竟泰坦巨兽都有一定的环境改造能力。如斯库拉可以缓解北极冰川融化，贝希摩斯可以促进植物生长……”
此时唤醒基多拉的恐怖分子和女博士也傻了，这可不符合他们的计划，毕竟他们是打算一头一头的唤醒泰坦巨兽，保留缓冲时间的。