孔有德兵败，这么大的事情瞒不了，孙元化听见看守他的士兵议论纷纷，所以开门去问。守门的士兵也算是孙元化的旧部，虽然是东江军，但是毕竟孙元化领导过他们几年，即使跟着孔有德叛乱，可他们还有点良心，对孙元化也是照顾有加，毕竟孔有德对孙元化只是软禁，没有进一步的举动。孙元化积威仍在，士兵们不敢造次。孙元化开口问话，守门的士兵自然就把情况一五一十的对孙元化说了。事情果然不出孙元化所料，朝廷的援兵还是到了，孔有德大败而归，自己早就对孔有德说过，山东离着京师太近，朝廷不可能放任东江军不管，一定会出兵剿灭。只是孙元化万万没有想到的是朝廷出动的竟然是青弋军。这支新军的大名孙元化自然是如雷贯耳，出动这支部队来剿灭东江军，可见朝廷是下了大决心的。果然没有任何意外的，东江军在这支强军面前灰飞湮灭，三万东江军被消灭在济南，现在孔有德倾尽其所有也不过整合了一万五千人，这一万五千人不可能跟原来的东江军相比，无论是士气，还是技战术，不可同日而语，而更加可怕的是，新军绝对不会就这么算了，既然出兵一定会打到底，将东江军消灭为止。恐怕在这个时候，新军已经在前往登莱的路上了。对于这帮反贼的覆灭，孙元化心中倒是没有太大的波澜。李九成死了，死得好，这种反贼死有余辜，搞得好好的山东生灵涂炭，吴桥那么多百姓惨死，这就算对他的报应吧。
孙元化心痛的是这数万军兵，三万东江军将士没有倒在和建虏搏战的战场上，反而死在了山东，死在了大明的腹地，岂不是可笑。最关键的是这间接的败坏了边军的形象，大明天下百姓会怎么看边军将士，难道将他们当作野蛮人一般看待吗？东江军在前线抗金，别人不知道，孙元化早在天启年间就是孙承宗的副手，前线将士抛头颅洒热血，英勇事迹他怎么会不知道。孔有德他们这么做怎么对得起战死的先烈。就算是毛文龙，在抗金这方面也是不含糊，那么多东江军马革裹尸，眼看着就会被孔有德这帮人全部抹杀。孙元化抑制不住内心的愤怒，一定要让孔有德前来相见。孔有德到了之后，孙元化便对他呵斥。
孔有德只是坐在椅子上不说话，听着孙元化一人说着大道理。其实他心里清楚，孙元化说的何尝没有道理。本来自己也想低调做人，奈何一时间鬼迷心窍走上了这条不归路。说到底还是李九成拔刀砍了王象春的家丁所致，自己是不得已走上了这条路。这次出兵济南，本以为意气风发，山东兵不堪一击，眼看着东江军就要控制住山东的局面，可是没想到朝廷的援兵竟然到了。而且战斗力这么强，两千多人硬是击溃了自己三万兵马，虽然说是偷袭，可是就算是三万头猪让他们抓一天也不一定能抓完，但自己就是败了，结结实实的败了。只能说东江军已经不是以前那支可以和建虏搏战的军队了，毛帅死后，这支军队的锐气已经被消耗殆尽，这次作战完全是凭着金钱美女的激励才能鼓起勇气，被新军这么一戳，看起来大好的局面就像窗户纸一般被捅破了。
此刻的孔有德内心五味杂陈，自己手上已经没有太多的筹码了。本来指望着攻下济南和朝廷谈判，现在倒好，又重新龟缩在登莱，手里只剩一个孙元化，可是孙元化的分量究竟有多大还是个未知数，他怎么能和德王比。除非是孙阁老等朝廷大员出面，否则朝廷和皇帝估计断然不会为了一个孙元化跟叛军妥协。孔有德听见了孙元化的劝解，内心已经有一些动摇。孙元化说的不错，如果是孙元化愿意出面修书一封给朝廷的话说不定能免了自己的罪责。这些年皇帝杀文官不含糊，可是武将一般都会掂量掂量。看看袁崇焕和祖大寿不就是很好的例子吗？这个罪责孙元化来担的话，自己倒是能免了不少罪过，而且可以把责任往李九成的身上推，实在不行，李应元的人头也可以拿来用用。大家本来就是大难临头各自飞的关系，只不过耿仲明不能动，他的炮营对自己还有用。毕竟最后的退路是投降八旗。
“孙巡抚，你真的愿意替我们上书朝廷？”“我孙元化说话从来是说一不二，孔瑞图，你要搞清楚一点，本官上书朝廷不是看在你的面子上，就你作乱山东这一条，砍十次头都不够。但是你别忘了，本官还是登莱巡抚。这登莱二州城内城外还有数十万百姓。朝廷的讨逆军自然不会给你留什么颜面，但是剩下的东江军将士和百姓们都是无辜的，本官总不能眼睁睁看着将士们送死，百姓们在兵乱中死的死，逃的逃，流离失所。那我孙元化万死难辞其咎。所以我愿意上书朝廷，只要你答应投降，我孙元化力保你性命不失。说白了，主要罪责不在你，是李九成鼓动你，煽动将士们作乱，大可以把责任推到他的头上。”孙元化义正言辞道。
“好，你孙巡抚也跟咱相处了不短的时间，我孔有德信你一次，就请你修书一封，我派人送出城外，看看朝廷那边到底如何回复。孙巡抚，其实我孔有德不是那种是非不明之人，只是这次情况特殊，我也是骑虎难下，难道我想和李应元他们同流合污吗？我也是没办法。”孔有德想了想，反正孙元化的折子如果不起作用，朝廷该打还是打，不会因为折子而改变方针。反之可能真的如孙元化所说有回旋的余地。与其这样，不如试上一试，万一有效果呢。不到万不得已，孔有德也不想背那投降野人的千古骂名。
两人结束会面之后，孙元化立刻修书一封，按照对孔有德说的。将罪责推到已死的李九成头上。孙元化不傻，他已经听出来其实叛军内部也不是铁板一块，在自己这一番说辞下，孔有德的内心肯定是动摇了，看来李应元和李九成父子应该和孔有德不是一条心，既然这样，只帮孔有德脱罪即可，将信直接交给孔有德。孔有德自会想办法跳过李应元将书信呈报朝廷。
果然孙元化的书信到了孔有德手上之后，孔有德反复看了几遍。确定没有什么破绽，这孙元化也是个写官样文章的高手，这封折子一上，孔有德变成了一个陈桥兵变赵匡胤似的人物，是李应元，李九成等人非要黄袍加身鼓动他作乱，他是不得已而为之，其实还是心向朝廷的。现在请求朝廷招安，愿意继续归顺明廷。孔有德很满意，但是折子的事情不能告诉李应元，甚至是耿仲明，只能自己和孙元化知道。孔有德悄悄唤过一名亲兵。并且叫上孙元化的一名家仆，由这二人把信送出登州城，直奔京师。再由孙元化的家仆出面递交兵部。看在孙阁老和徐光启的面子上，梁廷栋不敢不报。
就在孙元化书写奏折的时候，青弋军已经兵临登州城外十五里，六千兵马摆开阵势逼近登州城。东江军的斥候也已经发现了城外的敌军。全城立刻戒严，孔有德急的像是热锅上的蚂蚁一般，如果信还没送到城池就被攻下了，岂不是前功尽弃。所以他立刻找到孙元化要孙元化再次修书一封给城外的青弋军，要他们暂缓攻城，静待城内局势变化。
城外的青弋军扎下营寨，在南城下列阵，用远程炮火轰击城池，将里面的守军牢牢的吸引住。而陶宗带着一个营的兵力悄悄的绕到西南角，那里有一片小丘陵，可以借着丘陵的掩护在背面挖掘地道。算起来从这里开挖一直到城里大概有一里地的距离。登州虽然靠海，可是本身附近没有可以利用的水源，如果是利用海水倒灌填充护城河，反而需要耗费巨大的人力物力。而且登州和莱州都有出海口，陆上的州城就一直没有设立护城河，这给陶宗他们挖地道创造了非常便利的条件。