战船上的顺军，扔出一条绳子，让张应祥和郝效忠依次拉着绳子的一端，然后顺军拉着绳子，把他们两人拉到战船上。
两人被拉上船以后，立即被顺军将士捆了起来，然后绑在桅杆上。
等绑好二人以后，高一功又看了在破船上哀求的其余清兵，还有一些战马在船舱里。如果不管他们，人可能还能活下来，战马就没有活路了。
高一功心想，顺军到了南方以后，战马就不容易弄到了。于是让人把船拖到岸边，先把船上的鞑子都捆起来，然后再去把船里的战马都救上岸。
船上的一行顺军又忙活了很久，终于把货船上的清军全都拉到船上，捆了起来。然后又顶着货船冲岸，把货船顶上江岸，这才把船上的几十匹战马都救出来。
随后高一功派遣几名顺军走陆路，把战马都赶回去与大军汇合。自己乘船走水路，带着俘虏返回沙市。
回程的路上，高一功也问清了另外一条船上是谁，不过等他们返回时路过祖可法上岸的地方，看到岸边停着的货船时，在就人去船空，这时候就算想追，也追不上了。
高一功带着一船的人靠岸时，天已经快黑了，码头的火已经被扑灭，码头上和沙市城内到处都是收拾战场的顺军士卒。
下船之后，高一功先让亲兵带着这群帮他乘船的清军俘虏回营，并且特意交代，这群人立功了，不能当俘虏看待，等自己忙完了，再来决定怎么安排这些人。
至于从货船上抓的这群清军，就没有这么好的待遇了，直接反捆着双手，被顺军赶下船，押回沙市看押。
大战过后，李锦让李友和田虎，处理荆州城下的清军俘虏，把他们都看押在城内军营。自己则带着牛成虎和马重僖，在沙市处理清军的俘虏、物资和船只，还有一些从护城河顺着便河飘到沙市的清军，也被顺军拦截，关在沙市军营里需要处理。
打听到李锦在沙市城内，高一功立带着张、郝二人往城内找他。
当高一功找到他时，他正在城内军营里，给新俘虏的清军讲顺军的俘虏政策，基本上就是愿意加入顺军的帮顺军干一段时间的苦役，就可以被编入顺军，以后和顺军将士一样分田发赏。
不愿意加入顺军的，给顺军干五年苦役或者种五年地，就可以变成普通百姓，是走是留随他们自己。愿意留下的，大顺给他们分地，想要走的，大顺发给路引。
高一功见到他就打趣说：“这套话你说了不多少次了，下次找个人帮你来给他们说不行吗？”
李锦叹了口气，说道：“我不出面不行啊，这里就我官职最高，说出来他们才信。今天收了这么多俘虏，如果不安抚好他们，万一有人煽动作乱，会给我们添不少麻烦。”解释完后，他又问高一功，找他有什么事。
这时高一功才让亲兵把张、郝二人带过来，告诉李锦：“抓住两条大鱼，一个武昌总兵张应祥，还一个是总兵衔的郝效忠。可惜让祖可法跑了，他可是崇祯四年就投降鞑子的老汉奸了，去年在怀庆就让他跑了，这次又没抓到他！”
高一功说起放走了祖可法，颇为可惜，不过李锦却想的挺开，跑了就跑了呗，只要这一仗打赢了就行，祖可法又不是什么了不起的大人物！
李锦吩咐高一功，让他先把张郝二人押往大牢看管，然后带人去清点这一战缴获的粮饷物资，自己则带人去处理战场上散落的兵器、衣甲，还要处理双方的伤兵、尸体。
所有人忙活了一夜，直到第二天一早，才处理完战后的琐事。李锦留马重僖带人驻守沙市，看管好缴获的船只，带着其余人马，押着俘虏和缴获的辎重，返回荆州。
大军返回荆州时，李友和田虎也打扫完战场，正在荆州城内修补损坏的城墙和攻守战具。李锦让人把俘虏押往军营看管，辎重衣甲和武器运回仓库，随后召集各将领到荆州府衙议事。
一场大仗打完，还是要总结一下得失，规划接下来该怎么办。马上要到雨季，也要入伏了，满蒙八旗不耐酷暑，雨天火器也不好用，趁这段时间，把清军在湖广的兵力都挤出去。然后修建堡垒，固守湖广。
李锦趴在荆州大堂小睡了一会儿，等麾下众将都到齐以后，开始汇总此战的收获和损失，荆州一战俘虏一万多清军，缴获不少盔甲武器，还有几万石粮草和二十多门红夷大炮。
现在顺军手里的俘虏，已经有两万多人，都关押在一起，不妥善处理的话，就会变成顺军的累赘，如果出了乱子，那就得不偿失了。
所以现在李锦他们必须商议出一个章程，妥善处理顺军的俘虏问题。最后在众人的商议下，才拟定对清军中汉军俘虏的处理办法：
在顺军中新建土木营，俘虏中千总职衔以上的官员继续关押，愿意投降的的根据以往统兵的军纪、战功，量才录用；千总衔以下的都编入土木营，以顺军伤兵充任各级官员，带着土木营帮顺军修筑营堡、工事，农忙时参与屯田。
这些俘虏在土木营中服役两年表现良好，可以转入顺军或者发给民籍，在顺军治下安家立业。
至于此次荆州之战中被俘虏的民夫，愿意留在荆州的就让他们留下，先编入土木营，干活领饷。等顺军把清军赶出湖广以后，在占领区均田时，就让这些民夫离开土木营，按正常百姓分田。
不愿意留下的民夫，直接让他们离开就行了。
此时顺军的军议，基本上变成了李锦的一言堂，决定一些战后驻军、安定民生的事以后，众人也就散去，按李锦吩咐的执行。此战过后，李锦带着从陕北撤过来的顺军，夺得荆州、承天两府地盘，终于有了安身立命的地方。
不过这一战放跑了祖可法，也在清军面前暴露了实力。虽然此时阿济格率领的八旗兵已经北撤，但是多铎的东路大军还在江南，万一清廷这时把多铎调过来，那荆州的处境顿时就危险了。