“佛爷，索南总管派人回报，汗王和扎寺代表强佐多仁已到堆龙大桥，寺僧正列队出迎。”
“益西呀，你记得不，那个金达寺中年僧人说小藏巴汗计划怎么处置我？”
益西想了一下，说：“记得。好像是说要将佛爷关进寺后密洞。”
“走吧，我们出寺迎接。”
1642年3月15日，一个新的西藏地方政权诞生了。它由蒙古和硕特汗王与黄教达赖喇嘛联合执政，因当时五世达赖居住和办公的地点在哲蚌寺所属的甘丹颇章宫，故史称甘丹颇章政权。从此，藏传佛教中的格鲁派上升为主流，直到今天。
这一年，五世达赖27岁，四世班禅73岁，固始汗61岁。
格鲁最终登上政治舞台是一代代师徒不惧危难、契而不舍，历经240年努力的结果。
元初，萨迦派的八思巴叔侄首先归顺蒙古统治者，西藏正式进入中华版图，该派得到元朝支持，但不断受到噶举派的挑战，到元朝后期愈演愈烈。《西藏民族政教史》指出，“因此两派互争外势，故真学实行之士，日渐减少，至元末明初，显密教法衰微甚矣，除少数大德外，几不知戒律为何事，寺院僧侣尽同俗装。”
时代在呼唤变革，代表人物是佛教史上着名大师——宗喀巴（1357-1419年）。宗喀巴生于元末青海湟中县，7岁出家，16岁入藏访学，遍历各宗，兼蓄优长，创立了新的教派——格鲁宗，“格鲁”意为守规，可见该派宗旨。1409年即明永乐七年，宗喀巴在大昭寺举办了僧俗数万参加的祈愿大法会，亦称传召大法会，会后在城东创建格鲁首寺——甘丹寺，标志着教派正式成立，是年，他53岁。
作为一位宗教改革者，宗喀巴一生着述甚丰，在《菩提道次第广论》、《密宗道次第广论》等经典中，系统提出了他的佛学理论：以大乘空宗为核心；显密双修，次第修行；教派独立，以戒为师；创建学经考试制度，规定学位等级。
甘丹颇章政权成立大会在当时的首府日喀则召开，那一天经声似海，旗幡如云，隆重热烈不消细说。五世达赖坐高台正中，固始汗与四世班禅分坐两侧，象征藏蒙联合政权建立。据《续藏史鉴》载：固始汗“率兵西支，尽夺噶玛政权，水马年，西藏王侯莫不俯首称臣，遂为西藏三部之王……王遂以西藏三区十三州政教全权悉以供养第五世达赖喇嘛”。固始汗承认达赖喇嘛为最高精神领袖，也是西藏一切权力的最终所有者，双方共同任命一位藏人出任第巴一职，协助治理。这是一种过渡性的二元权力结构。
固始汗提议：“佛爷，小藏巴汗官邸宏大，可否请佛爷法驾西移。”
五世达赖略一想说：“多谢汗王美意。甘丹颇章乃前世所居之地，俗话说一动不如一静，就不必搬迁了，诸事由第巴协助汗王处置即可。”
“也好。弟子思之再三，第巴一职甚为关键，可否由总管大人出任，请示下。”
这有点儿出乎五世达赖预料，他想了一会儿说：“好吧，索南与汗王相识日久，多次配合，出任第巴倒也合适，不过凡事还是以汗王为主。”
五世达赖返回拉萨后，在大昭寺广场举办了庆祝新政权成立大法会，散会后，僧人们留在广场彻夜狂欢。哲蚌寺那个一向凶巴巴的格贵大喇嘛，边扭动身子边哼唱起家乡边坝的小曲，逗得众僧大笑。半夜时分，人们发现西边远处山坡上亮起了一盏盏灯，越来越密，最后整面山坡都亮了，像是在火焰中燃烧，山下寺院灯火通明，仿佛透明一般。这就是哲蚌寺着名的十万佛灯，伴随着点亮一盏盏酥油灯的，是彻夜不息的羊皮鼓金锁呐。
固始汗将小藏巴汗宫中全部财宝奉献给五世达赖，将其宫殿、府邸拆毁，同时将其新建的噶玛大寺扎什日伦推平，木料、器具、佛像等各种物品统统运往拉萨大昭寺存放，供甘丹颇章政权使用。
丧失政权的噶玛噶举派不甘心失败，极力煽动，想利诱噶举宗中其他派系合谋推翻甘丹颇章。黑帽法王曲引多吉潜至山南洛扎地区，将上次在杂芒错被击溃的残余力量重新集结发动武装反抗，密派被固始汗宽恕得以漏网的却英去鼓动止贡噶举起兵动手，互相呼应。止贡活佛仁钦曲扎披挂上阵，联络潘德寺噶举僧人和一批部落首领，强占黄庙，驱赶杀戮格鲁僧人，一时声势不小。固始汗派大公子丹增率蒙古骑兵和支持黄教的部落民兵，赶往工布地区痛加围剿，派七公子扎什攻击洛扎地区，又派图布率兵讨伐其他零星反抗武装，前后用了两年，全藏息平。
黑帽法王曲引多吉翻过大山逃到云南丽江沐土司处，后经与格鲁友善的噶举达垅寺活佛从中调解，18年后，曲引多吉返回西藏，与五世达赖会见达成协议：噶玛派承认新政权的统治地位，接受第巴府派员长期驻寺监视，五世达赖同意他返回本寺——楚布寺，返还庙产和个人财物，宗教活动照常进行，只是对寺庙僧人数量作了限制。
止贡活佛兵败后逃往本寺后山，丹增追进一看，一面坡上密密麻麻许多岩洞，不知该如何下手。原来止贡最重密修，故在山中加工天然岩洞和搭建石头小禅房，提供给本派或外派高僧静修，以修瑜伽那热六法为主，尤以拙火定法为修练基础，若练就，据说冬天可赤身，发挥的体热能溶化洞外积雪。
当时，年轻的错那宗庄园主首领贾雅巴献了一计：“大公子，这密洞上千，若逐个搜寻太费时日，可让士兵每人持一长杆，探入洞中，若无鸟雀飞出，即可证明洞内有人。”果然，用此法，当天下午便将那活佛活捉。
傍晚，沟内复于平静，一抹余辉洒在坡上，位于峭岩之上的止贡提寺贴壁凌空，颇为壮观，周围环列蜂巢状洞屋数不胜数。丹增不住口赞道：“地势形胜，真乃一方静修圣地呀。”
贾雅巴一撇嘴：“此沟山水绝佳，只是这止贡历代活佛高僧中不乏尚武好斗者，却是怪哉。”
被活捉的仁钦曲扎是止贡第二十三世活佛，押解到第巴府后，索南群培根据罪状将其打入雪巴列空大牢。这活佛虽有爱打仗的毛病，却也学识渊博、修行出众，故入狱不久，其弟子便纠集附近崇拜他的僧俗人等准备营救。五世达赖得知这一情况后，给第巴写了一信，希望从教派团结、稳定局面出发，慎重处理此事。于是，索南进行训诫后，放出了活佛。
西藏局势稳定后，固始汗与索南第巴拟定了一个善后处置意见，主要有以下条款：
1、所有噶玛寺院及僧人，全部换帽属黄，有不从者，在手背打上印记强制移交。
2、追随噶玛迫害格鲁和武装对抗甘丹颇章政权的贵族，庄园、土地、属民一律没收，分别赐给黄教寺院和拥护格鲁的贵族，部分由新政权直接掌握。
3、首府由日喀则迁移到拉萨，固始汗仍住日喀则。
4、各地部落首领和其他教派寺院之间不准自行通信往来。
五世达赖接到这份报告后陷入沉思。从少年时期就备尝打击迫害、饱经风浪的经历，使这位年轻的黄教领袖，有着超出同龄人的成熟、沉稳、冷静。
一日，五世达赖对第巴说：“索南呀，当初忽必烈皇帝支持萨迦，曾想下令废止西藏其他教派，被萨迦首领八思巴劝阻，由此形成不可强制灭宗改派的传统。明朝时帕竹派掌权，基本也做到了，只是后期噶玛上台坏了这个规矩，不得人心，导致垮台。所以，我的意见是噶玛黑帽系本寺楚布寺和红帽系本寺羊八井寺保留，没有参与武装反抗的该派寺院也容许存在，换帽寺院僧人的去留自便。”
索南认真地作着记录，不时点头。
“索南呀，还有益西，你们说说，这方圆万里的雪域该如何治理？”
“各地战事刚结束，我与汗王几次商议，主要是从稳定局面着眼，长远治理的办法还不及思考，汗王说佛爷对今后方略有何定见尽可示下，当照办。”
“这个问题我也正在思考，恐怕短时间里难以拿出一个方略，正因如此，我们做事应该留下回旋余地。被没收的噶玛派寺院和部落首领的土地、庄园，我不主张分配下去，先由政府集中管理，有功之人可以另外方式奖励。你们二位也知道，我们连支军队都养不起呀。”
二人深有同感地点点头。
“索南呀，师父身体怎样？”
“佛爷身体尚可，只是年岁大了，行走不便。”
“回想这些年，我格鲁几次九死一生，若不是师父多谋善断、鼎力支持，真不知道今天会是个什么样子，增加师父的供养是应该的。”
固始汗和索南根据五世达赖的意见，对原拟规定作了变动调整。固始汗宣布：将西藏每年全部税收作为达赖喇嘛的供养；对保留的噶玛寺庙僧人名额严加限制，第巴府派员长驻楚布寺监视；没收的土地、庄园交第巴府统一管理，对罪责较轻者处以高额罚金。
后来，四世班禅针对执行中发现的问题提出一些建议，得到采纳，比如减轻三分之一罚金，尽快恢复正常的通信交往等。噶玛有的喇嘛仍不甘心，或写文章或发表演讲攻击格鲁学说和新政权举措，四世班禅不顾年高体弱，亲自撰写了《狮子怒吼》，系统深入地驳斥了对方观点，很快消除了那些攻击言论的影响。
在这期间，固始汗作了一件对黄教意义深远的事情。在与噶玛二十多年的生死较量中，四世班禅深谋远虑，砥柱中流，赢得了格鲁全体僧众甚至外宗僧人的敬重。顺治二年（1645年），固始汗援引当年土默特部俺答汗赠予黄教首领索南嘉措“达赖喇嘛”尊号的前例，向德高望重、学识渊博的罗桑曲结赠送了“班禅博克多”尊号。“班禅”是藏语，“博克多”是蒙语，都是大智慧的意思。从此，“班禅”成为一个专用称号，罗桑曲结据此追认了前三世。互赠尊号，是当时流行于蒙藏的一项重要社交活动，是对对方的褒扬、认可与支持，是双方结盟的一种形式。
尔后历辈班禅均继承了前辈顾全大局、坚毅忍耐的传统，对国家统一、民族团结和藏区的稳定发展作出了重要贡献。