经历
红·绿·蓝篇
小时候的小智和蚊香
小智预备对战小茂
在第一章一开始时，小智11岁。他第一次出场是在VS梦幻中，他派出蚊香君和尼多力诺战斗，来给一群小孩演示如何正确地捕捉宝可梦，为孩子们展示了他收服宝可梦的能力后，一个孩子问他认不认识大木博士和他的孙子后，他声称没有人是他的对手。和孩子们分别后，小智撞到一名火箭队手下，他和其他队员正在讨论关于梦幻的事情。小智想要去收服梦幻，在寻找中遇到了正在和梦幻对战的小茂，但是小智这时并不认识小茂。小茂在对战中收回小火龙，小智觉得不可理喻，便要亲自尝试，他派出蚊香君但立刻就被打败了，梦幻也被逃走了。被小茂提醒的小智为了变强决定去找大木博士。
在VS豪力中，小智来到了大木博士的研究所，他无意放出了研究所里的宝可梦。大木博士让小智找回这些宝可梦，但害怕小智溜走于是骑着自行车尾随其后。经过一番努力，小智终于找到了大部分的宝可梦，当他们来到常青道馆寻找最后一只妙蛙种子的时候，妙蛙种子十分抵触的攻击了上前的大木博士，但小智用自己观察到的妙蛙种子的情感与其交流，才获得了妙蛙种子的信任。就在这时，道馆内一只野生的豪力突然出现想要攻击他们，小智和妙蛙种子联手将其击败，随后大木博士就把和小智牵绊深厚的妙蛙种子还有宝可梦图鉴送给了他，并且他告诉小智成为宝可梦大师最终的是他的心。
在VS袋兽中，小智在大木博士的建议下来到了常青森林，并派出宝可梦来一起寻找没有收服过的宝可梦，这时跑在前面的蚊香君被小茂的小火龙打倒，小茂表示他误会蚊香君是野生的宝可梦。就在两人争执之际，袋兽突然出现。小智看见小茂掏出的宝可梦图鉴才知道了他是大木博士的孙子，而小茂意识到自己的爷爷竟然会把图鉴给小智这种初出茅庐之人有些不屑，并决定在小智面前演示一下真正的宝可梦对战究竟应该是什么样的。小茂的小火龙轻松打败了袋兽，但却不断挡掉小茂的精灵球，小智意识到袋兽似乎在保护着什么，于是他派出蚊香君挡下了小火龙的攻击，上前查看袋兽的袋子里。在袋子里小智发现了袋兽宝宝中毒了，于是小智赶快帮它解毒并目送袋兽母子离去。一开始小茂还以为小智是为了抢夺猎物这才恍然大悟。分别之际，在小智的疯狂逼问下小茂还是报上了自己的名字。
在VS皮卡丘中，小智来到深灰市得知市民们正在追捕一只四处捣乱的皮卡丘，看见被耍得团团转的市民们，小智派出妙蛙种子使出催眠粉成功将其捕获，还收到市民们的犒劳。接着小智又遇到了小茂，小智从小茂那里得知获得了徽章就可以让宝可梦增强的情报，并且这次他们决定以成功挑战道馆的先后来决定谁更厉害。然而此时深灰市的宝可梦中心被人破坏，小智只能带着体力不足的妙蛙种子、蚊香君以及体力充沛的皮卡丘挑战道馆。进入道馆后，小智看见了小茂的小火龙已经进化成了火恐龙。等到小智上场他勉强用两只体力不足的宝可梦打败了和道馆馆主对战前预赛的训练家，最终的对手就是道馆馆主小刚，但小智此时还有体力的只剩皮卡丘一只了，皮卡丘十分不愿意，于是小刚就让大岩蛇对皮卡丘进行攻击，但皮卡丘接连躲开了多个落石，但被最后一颗滚石砸中的它十分不爽直接电了小智。这时，小刚误会小智能够赢得对战只是纯属侥幸，生气的小刚想给小智一点颜色瞧瞧，就让大岩蛇放开全力给小智的皮卡丘最后一击。小智担心皮卡丘承受不住而跃身救下了皮卡丘，这使得皮卡丘十分感动，直接放电将大岩蛇电的七零八落从而赢得了胜利，小智也从小刚那里的获得灰色徽章。同时，小智也得知了小茂从小刚那里也拿到了灰色徽章。
在VS暴鲤龙中登场，小智遇到了一名叫做小霞的少女，一个星期前她的暴鲤龙被人偷走了，等到小霞找到她时暴鲤龙已经变得十分的凶暴了，追了它大老远的小霞用用海星星和暴鲤龙战斗弄的自己满身是伤。见状小智立刻派出妙蛙种子帮助小霞削弱了暴鲤龙的体力，最后和小霞的海星星合力击败了并收服了暴鲤龙。小霞向为感到暴鲤龙如此强大而疑惑的小智解释了原因，并向小智道歉。小霞表示自己并不知道是谁偷走了暴鲤龙，于是决定跟小智一起去问大木博士。小霞在一旁听完小智对大木博士的汇报后，从大木博士那里得知偷走自己暴鲤龙的坏人可能是正在利用宝可梦做生物实验的火箭队，于是在大木博士的情报下，小霞和小智一起前往火箭队现在可能出没的月见山。并且小霞还告诉小智自己居住的城镇也在月见山方向以及小智月见山里有许多岩石属性的宝可梦自己可以靠水属性宝可梦对付，她想亲自为暴鲤龙报仇。当小智和小霞抵达月见的山洞口，他们目击到许多火箭队手下，于是只好偷偷潜入洞穴内，小智让皮卡点亮了洞穴。深入洞穴后，小智和小霞遇到了火箭队的干部阿桔，小智派出皮卡打败了独角犀牛，阿桔给被打败独角犀牛注入了实验药剂让它进化为钻角犀兽，这人小霞联想到自己的暴鲤龙也收到这样的待遇很是生气，派海星星上前对抗阿桔的钻角犀兽，却被钻角犀兽反弹的海星星的招式砸到了墙上昏了过去。愤怒的小智开始反击，但皮卡丘却被钻角犀兽踩在脚下，阿桔命令钻角犀兽直接攻击小智，千钧一发之际小智的皮卡丘脱身用电击击落了洞穴里的巨大岩石挡住了阿桔和一众火箭队，小智乘此机会背上小霞跑路。昏迷的小霞被小智扛出了洞穴后，醒来的小霞浑身是泥还抱怨小智乱摸自己。小智向小霞表示真想让她看看打败对手的英姿，还告诉小霞自己找到了月之石。
在VS宝石海星中，小霞带领小智来到了位于华蓝市的家中，并为仆人们介绍了自己的好友小智，接着就换上礼服和小智共进晚餐。在晚餐中，小霞想要小智和自己一同特训来增强实力便于对抗火箭队，但骄傲的小智觉得火箭队根本不是他的对手，还表示小霞明明自己还弱到被火箭队打败。生气的小霞留着眼泪夺门而出，小智对着女仆们一阵吹嘘表示自己明天就要去挑战华蓝道馆。夜里，小霞派暴鲤龙夜袭了小智，小智只在房内发现暴鲤龙的鳞片，并不知道是小霞指使的。第二天，小霞带着一心想要挑战道馆馆主的小智前往了华蓝道馆，并告诉小智自己就是道馆馆主并且也是她夜袭小智，生气的小智随即派出了妙蛙种子，两人便开始了对战，结局是小霞的宝石海星轻松击败了小智的妙蛙种子，小智这才意识到小霞之前一直在赢藏实力。小霞哭着跟小智说以为小智会理解她的好意并肩作战才希望一起变强的，如果不能变强就无法打败火箭队，终于理解了小霞的小智决定和小霞一起开始特训，在接下来的一个星期里互相记下了对方的招式，今后就可以分开锻炼，就与小智分别并约定下次再见。在VS勇基拉中，小智回忆起了这时小霞赠予他蓝色徽章的一幕。
在VS大嘴雀中，小智已经捕获了很多的宝可梦，他来到25号道路时遇到了和小拉达合体的正辉，小智误以为这是稀有种的宝可梦变向上去收服，突然说话的正辉吓到了小智，他告诉小智自己是因为在修理宝可梦寄放系统时，不慎与被传送的小拉达合体，话说到一半正辉就遭到了大嘴雀的袭击，小智立刻派出宝可梦攻击大嘴雀营救正辉，但因为高度不够招式不是打中正辉就是没有命中，于是小智让皮卡丘把自己当成跳板跃到空中，这才成功命中大嘴雀。但是，大嘴雀摔倒地面上后并没有被彻底打败，它攻击了蚊香君，却不想这只是蚊香君的影子分身，随后小智轻松击败了大嘴雀，并且帮助正辉恢复了人身。正辉为了感谢小智提出利用寄放系统帮助照顾他的宝可梦。
在VS霹雳电球中，小智处于好奇溜上了圣特安努号，当他注意到一个房间里有一个会动的东西之后被吓到，因为闹出大动静而被水手们发现了的小智不得不逃下船去。这时，小智遇到了宝可梦发烧友俱乐部会长，他从会长和会员们那里得知，枯叶市经常有宝可梦失窃。小智想到了之前在圣特安努号上的所见所闻再联系刚刚听到的枯叶市道馆馆主马志士利用圣特安努号经常往来于红莲岛之间搬运货物的情报，想到很有可能失窃的那些宝可梦就在圣特安努号上，于是再次潜入圣特安努号。临走前，会长借走了小智的皮卡丘，当小智回到圣特安努号上时，发现那个房间里的地上只有一只顽皮雷弹，误以为顽皮雷弹是精灵球的小智吓了一大跳，他派出了蚊香君，但蚊香君立刻就被顽皮雷弹击败。这时，道馆馆主马志士出现在小智的身后，并且他派出了大量宝可梦和水手一同包围了小智。好在还有一口气的蚊香君利用地上的水痕使出冰冻光束困住了马志士，小智抛出烟雾弹溜之大吉。但因为船上到出都是马志士的爪牙，使得小智无法离开圣特安努号，马志士也用监控监视着小智的一举一动。马志士派出一只三合一磁怪用音爆偷袭了小智，混乱的小智把蚊香君丢到了马志士手上，马志士将其丢入海中，随后被三合一磁怪用十万伏特攻击的小智也被丢入海中，小智在海中凭着仅存的意识回忆起了小时候溺水被从蚊香蝌蚪进化的蚊香君救了上来的事情，这时先小智落水的蚊香君进化成了蚊香泳士，蚊香泳士带着小智回到了圣特安努号上，随即使出了地球上投解决了电击兽。警察们赶到后，失窃的宝可梦都被找回，水手们也呗绳之以法，但头目马志士却不知去向。
在VS卡比兽中，小智参加了自行车比赛，因为自己的自行车是免费的所以被其他参赛者甩在身后，当小智准备弃权之际他看见前面的参赛者都在排队，他们无法通过一座河里满是毒刺水母的吊桥，原来这场自行车比赛其实也是一场宝可梦铁人竞赛。小智派出蚊香泳士使出冰冻光束轻松过关，接着他又忍不住被捕虫少年的嘲讽，利用皮卡丘的电力形成屏障清扫着森林里的宝可梦以及靠着妙蛙种子的飞叶快刀清扫障碍轻松绕路继续比赛。来到寂静桥时，小智和泳裤小伙子还有捕虫少年都被挡路的卡比兽困住了，小智想到了利用各个在森林里沾了蜂蜜的妙蛙种子来吸引卡比兽，计划顺利进行，小智在被卡比兽的追赶下来到了终点拿下了冠军，不过比赛的奖励也都被卡比兽吃光以及拿来维修被卡比兽破坏的终点了。
在VS可达鸭中，小智来到了紫苑镇，他觉得紫苑镇的氛围很是奇怪，居民们都疑神疑鬼的。就在此时，他遇到了富士老人，富士老人来给死去的宝可梦上坟，这时小智才意识到了这里是宝可梦的墓地。来到富士老人的家后，小智得知了宝可梦塔里有幽灵的事，富士老人拿出死去宝可梦的照片给小智看，小智无意间看见了小茂也在照片上。原来小茂先小智一步来到紫苑镇，并且进了宝可梦塔之后就再也没出来，据富士老人所说最近也有很多人进了宝可梦塔都下落不明了。
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