武太后颇为犹豫，在此敏感时期，她还是把武清的奏疏留中不发，因为她没有把握这武科举是否能够为自己所用，她决定还是从内部开始清洗异己。
于是在东突厥袭扰昌平后，只命黑齿常之率军击之，便开始了新一轮的清洗。
首先便是已经被贬为施州刺史的李孝逸，她听了武承嗣之言，说李孝逸名字中“逸”字中有兔，兔乃月中之物，月近天，合有天分，意在窥覦帝位。于是便命人拿了下了制狱。
紧接着便是刘祎之，刘祎之是被凤阁舍人贾大隐告密的，两人都在凤阁，属于同僚，低头不见抬头见的那种。刘祎之忌惮武太后权威，又不敢谏言，所以便向属下说，太后既能废昏立明，何用临朝称制，不如返政，以安天下之心。随即便被贾大隐给密告给了武太后。
武太后不禁大怒，刘祎之可是北门学士之一，他所有的荣华富贵都是武太后给的，从一个芝麻小官如今做到了正三品的宰相，到如今竟然口出此言。由此可见这朝中不知道有多少人想着反叛自己。
贞观殿内，武太后怒道：“刘祎之是朕所器重之臣，如今竟有背我之心，真罔顾朕之恩情。”
不久，便有人密告，刘祎之曾私受契丹领袖、归诚州都督孙万荣的贿赂，又与许敬宗之妾私通，武太后愤怒异常，便命告密之人肃州刺史王立本推按此事。刘祎之随即下了制狱。王立本宣敕出示圣旨。刘祎之本就是起草诏书之人，如何肯服，大骂道：“不经凤阁鸾台，何名为敕！”
武太后自然大怒，随即“以拒捍制使”之罪定为死罪。刘祎之曾经是李旦王府中的旧臣，李旦听说后，便赶紧向武太后求情。
武太后没有让李旦进殿，而后迅速赐死刘祎之。
刘祎之死后，武太后命酷吏周兴继续按鞫制狱。挖出刘祎之党羽，一百多人，如麟台郎郭翰、太子文学周思钧均遭流放。
自刘仁轨死后，无大臣留守长安。于是便命苏良嗣迁为文昌左相留守长安。与此同时纳言韦思谦致仕，裴居道为内史，正式拜相。夏官侍郎张光辅为凤阁侍郎同凤阁鸾台平章事，进入政事堂。
岭南边疆少数族时有造反，但随即被平，重大事件如交趾都护刘延之被狸户所杀，首领李思甚等人随即被镇压。
东突厥入侵朔州，武太后又听了谗言，决定还是不用武清出征，命黑齿常之为燕然道行军总管。再封李多祚为右鹰扬大将军为副总管，出兵朔州。
而此时的武清，顶着左羽林卫大将军的头衔却在武清县当县令，这也算是一个朝廷中奇特现象。他每日里处理下重大事情后，便是泡在黑火药研究室里面。开始研究黑火药。奔走于各个工坊，特别是近半年来加入了高炉和煤炭后，铸币增加十倍，而且所铸开元通宝的成色相当不错，铜的含量达到了八成，新钱光滑品相不错。武清准备用这些钱来收购民间金银。
因为他有一个愿望，那就是把金银当做帝国的货币储备。当然这只是为将来考虑。
这一年天下大旱，关内、山东尤甚。
武清坐于阁楼，终于下定了决心，片刻一个黑影出现了阁楼中。
“牛郎见过主上！”
武清沉默片刻，说道：“牛郎，你觉得当今天下如何？”
这牛郎正是当年刺杀了广州都督路元睿的昆仑奴。其实他也不算是昆仑奴，因为他只是隋末动乱逃避海外的汉人后裔而已。本来遵照先祖遗愿回中原生活的，可没想到正好遇到路元睿敲诈勒索昆仑奴，怒而杀之。如今被武清收服，经过一年多的训练。做事十分干练。代号为牛郎。
“属下只知主上，不知天下。”
武清微微一笑，沉声说道：“既然如此，那就给我招三千牛郎，我要你组建牛郎卫，你可能办到？”
牛郎如何不明白，顿时心中大喜，便躬身行礼道：“属下一定完成任务！”
每逢大旱大灾，便有卖儿卖女之人，武清便会命人收留或买一些，也从某种程度上挽救了一些生命。尽管目的不纯，但这也是他尽力而为的事情。三千牛郎，肯定不是小数目，于是武清拿出一份上面写有“绝密”两个字的信封，递给了牛郎。
“照这里面的步骤去做！”
“是，主上。”随即牛郎退去。
其实武清这样做也是逼不得已，如今他家大业大，说不定哪天武太后起了性子，把他给办了也说不定，人性这东西实在难以琢磨，总之铺好后路是没错的。一旦事发，宫中有上官婉儿和韦团儿提前告知，那些个太监都与武清交厚，甚至那守城的校尉都有些是影卫出身。在武清县的埠头中间，都藏着一艘改变了形貌的战舰，更不要说是在江南船行、扬州等地，都藏着一艘战舰。如今琉球岛的要塞开始修建，如果能够经营五年，他相信，到时候就凭借琉球岛，他便能打退大唐水师。
当然到那个时候，也就无所谓天下了，说不得他都可以争霸一番。若能在这几年里研究出炸药包之类的，争霸什么的，根本就跟玩儿一样了。何况如今的大唐能征善战者有几个？
再者，在泉州的海洋学校已经有了第一批学生，每日里勤练不已。不出几年，这些学生们便是海军战士。所训练的手册，都是出自李靖兵法。当然一般情况下，一般人是看不到这本兵书的。但以武清的身份，自然能够从皇家藏书中能够看到《卫公兵法》的。武清也不禁对李靖非常佩服，特别是对于水军的见解也是非常独到的。而且也似乎在字里行间透露出，大海终将被人类征服。
由此便可看出，李靖不愧为真正的军事家，从战略眼光上看，李绩就差了些。
朝中，武承嗣和武三思见黑齿常之在黄花碓很快击败了东突厥，不禁有了心思，看来这东突厥也不甚厉害。于是便上疏武太后，愿意领兵出击突厥。
武太后召见二人，说道：“你二人想领兵出征，朕还没有老糊涂！往后不要上这种奏疏。免得被百官看到后笑话，明白吗？”
武承嗣和武三思没有想到竟然被叫来臭骂一顿，二人心中不喜，但脸上非常恭顺，武三思心思电转，便说道：“姑母，臣可推荐一人，当可领兵出击突厥。”
武太后听到二人不再坚持，便问道：“你们推荐何人？”
武三思躬身道：“是右监门卫中郎将爨宝璧，此人有勇有谋。是个不可多得的人才？”
武太后一愣，竟然还有这样的人才，自己怎么没发觉，但看武三思一脸认真的模样，便说道：“既然如此。那就命他引两万精兵支援黑齿常之，但务必听黑齿常之调遣。”
二人大喜，遂谢恩而出。
不日，爨宝璧领兵两万出征朔州一带。
不久，有虢州人杨除尘诈称自己为朗将，矫制招募士卒，迎接庐陵王。被人告发，不过月余，便被抓获，当场就地正法。
但这也给武太后提了醒，随即派兵便把庐陵王看守地更紧。告密之风更甚。像秋官侍郎张知默这样的四品之官，都想着推按制狱。可见其残酷。张知默还要求他的外甥监察御史王守慎跟他一起按鞫制狱，被王守慎拒绝。
王守慎感到朝中被酷吏横行，又看不到希望，他自己难保不会深陷囹圄，于是便辞官为僧。此时武太后大兴佛事，自然应允，赐法号法成。与此同时徐仁纪、孙处玄等要么辞官归隐，要么出家为道。
当然这一时期，出家的、归隐的官员不在少数。毕竟酷吏横行，自身又没有太多安全保障，只有出家归隐才能保存全身。
武清的思想未尝没有这方面的原因。只不过他的背后是武太后而已，武太后又是酷吏的幕后主使，只要武太后不亲自下命令，酷吏还是不敢轻易咬武清的。
不久，从北疆传来军情，爨宝璧不听黑齿常之劝告，乘胜追击阿史德元珍，中了埋伏，全军上下两万精锐死伤殆尽，他一人轻骑逃出，回到了神都。
武太后大怒，训斥了武三思和武承嗣，并把爨宝璧腰斩于市。自此武太后再也不敢轻易派遣将领出征，因为丧师辱国不说，也会让天下百姓对她武太后的朝廷轻看。
当然，武承嗣和武三思对黑齿常之可是恨上了。
这一日，武太后召见武清。
武清踏进了丽景殿，十一月的天气，确实有些冷，但丽景殿内却温暖如春。
给武太后见礼后，武太后对武清说道：“去岁朝廷失去了安西四镇，使得西域商路断绝，我欲使人征讨吐蕃，清儿以为可派何人征讨？”
武清一愣，今年天下普遍大旱，饿死之人不知道有多少，这会儿要征吐蕃，有那么多兵力吗？不到两万的河源军要防备吐蕃，还被黑齿常之分走一半抗击突厥。如今不说粮草难以筹集，就说这兵源都是问题。
“太后，臣认为此时征讨吐蕃，还不是时候，不若待太后招募新兵，训练一年半载，再派大将征讨吐蕃，安西四镇不出半年，将重回大唐怀抱。”武清斩钉截铁地说道。
武清虽然没有和西域贸易的商队，但他知道西域与大唐的贸易是非常紧密的，如今各地货物积压，就是因为安西四镇被吐蕃占领，商路不通所致。
武太后显然有些急躁，安西四镇在她手中陷落，这让她有一种失败之感，总之她就是想征讨吐蕃。
“若朕派你去征讨，你可愿意？”
武清一愣，他话说的很清楚了，这太后还要征讨，便说道：“太后，即使微臣去征讨，也无必胜把握。还请太后三思。”
武太后一愣，缓缓说道：“即如此，你先退下吧。”
武清抬头看到，上官婉儿在摆手，于是便明白其意，躬身退下。
不久传出消息，武太后封韦待价为燕然道行军总管，并肃州刺史、右鹰扬卫将军，防御吐蕃突厥。