六部对外宣称为一种政治制度则是在永乐大帝朱棣时期，朱棣将六部的权利进行了提升，并对其进行了更加系统的分工，六部的威望与权利在此时达到了新的高度。
六部的发展主要源于朱棣好战，更喜御驾亲征，如此一来朝中无人监政，六部便成为了皇帝的眼睛，将朝中的大事小情第一时间送到朱棣的手中，加强了信息的流通效率，这便是朱棣时期明代六部的另一大作用。
内阁的产生也是衍生于朱棣时期，朱棣对于皇权的渴望高于任何一位明代皇帝，如此一来其更加重视培养亲信，也就是早期的内阁。内阁存在早期，主要是在皇帝御驾亲征期间将政治奏折进行整合与建议，在其发展成熟后，更是可以直接统领六部，权力直达中央各处。这时的内阁类似于皇帝的秘书团队，专为皇帝服务，帮助皇帝进行科学的决策，内阁制度初步建立以后，经过几代皇帝的改革，内阁制度日渐完善。
真正的“内阁”由明成祖朱棣建立。明成祖即位后，任命翰林院编修、检讨等官员参与午门内的文渊阁的工作，始称为“内阁”。这些编修、检讨、讲读等官员不设置专属的办公地点，不隶属于任何部门，对于六部奏报也没有发表意见和决定的权利。
所以当时的“内阁”只是个替皇帝起草诏书，为朝廷官员提供咨询的秘书机构。永乐中期以后内阁逐渐发展到拥有掌管六部的权力，成为皇帝的最高幕僚和决策机构。到了明世宗嘉靖时期，内阁的权力已经发展到完全与从前的宰相一样，武英殿大学士严嵩为此专擅朝政二十余年。
明朝的“内阁”中最突出的人物当属洪熙、宣德到正统时期担任内阁成员的杨士奇、杨荣、杨溥三人，时称“三杨”。他们在担任辅臣期间，功勋卓着、政治才能惊人，不但安定边防，还整顿吏治，使经济得到很好的发展，至此明朝走向鼎盛发展的道路，并使原本只是属于皇帝私人咨询机构的内阁成为拥有丞相权力的机构。
明朝以前历代王朝的宰相权力都非常大，往往采取群相制，分散宰相的权利。可见，有时宰相大权独揽，直接涉及到了君权，这样的例子比比皆是。宰相拥有的权利主要有决策权、参政权和行政权，也就是人们经常说的“一人之下、万人之上”指的就是宰相。
明朝规定了朝廷事务的决策权必须是皇帝自己本人，内阁的主要权利只能是参政权，六部主要是行政权，地方上分别承担布政使司等，分管行政、司法和军事，三权互相制约，阁制度也达到了非常完善的地步。
到了嘉靖、万历年间分别出现了严嵩、张居正那样大权在握的内阁首辅。即便皇帝多年不上朝，内阁制度按照规定的流程办事，这两位皇帝躲在幕后，只处理朝廷的重大事务，看上去好似“怠政”，实际大权一直在自己的掌控之中。不过这话的水分也挺大的。大权有没有在皇帝手中，看的是权臣的态度。
内阁制度形成以后，皇帝担心内阁权力过于庞大，于是建立了司礼监来制衡内阁。开始的时候司礼监权力并不大，并且受到皇帝的严格限制，但是到了明朝中后期，内阁权力急剧膨胀，皇帝担心内阁权力过于大，赋予司礼监太监权力，相互制约，以求平衡。具体行政流程是：内阁对国家的政治提出处理意见，是以“票拟权”的形式参政、议政权，然后交给皇帝批阅，明朝后期皇帝怠政，审批的权利被皇帝划归到司礼监太监的手上，等于是分得了皇权的一部分，司礼监权力急剧膨胀，出现了王振、刘瑾等权势滔天的太监。这就是阉当的由来了。皇帝不断的下放权力，不断的培养宦官监察百官，这惹得那些文官十分的抵触！
试想，自己十年寒窗无人问，一朝上榜入庙堂，当官就是为了当人上人，没成想，进了庙堂自己归一帮太监管了！可笑可笑！
然而，内阁首辅这一重要职务，并不是由皇帝亲自决断，而是朝廷官员推荐，皇帝最终行使决定权。这样就催生了明朝中后期不同党派的竞争。为了争夺首辅这一权力，相互斗得死去活来，本来想用这种制度让朝廷政治清明一些，结果却搞得乌烟瘴气、乱七八糟，更使得明朝社会危机四伏。
诸如内阁首辅张居正，为了争夺首辅这一职位，用尽各种手段，赶跑了原来的首辅高拱，自己坐上首辅的宝座。这其中的血雨腥风，不足以为外人道也！
朱元璋废了丞相，朝中大量的政务就得他亲自处理。皇帝事必躬亲并不是件坏事，但庞大的工作量一个人根本不能完成。所以，朱元璋用了几个文士给自己当一下顾问，这些人都是五品以上官员，扮演着非常重要的参谋角色。
可以说，内阁成员开始的时候就是帮皇帝写写文稿、出点主意而已，到了仁宗时期，已经加衔至尚书侍郎，并且都在皇帝身边，自然权力增大了很多。到英宗少主登基的时候，大学士的“票拟权”显得尤为重要，内阁矛盾也就自然越来越激烈了。
万历十五年以后万历皇帝曾经多年不上朝，但是国家依然正常运转，期间还打了三场战争，最着名的就是抗击日寇增援朝鲜的战争，取得了胜利，内阁在其中发挥了不可或缺的作用。但是，竟然前后换了19任内阁首辅，这也使得政策不能持续执行，最后导致灭亡。
皇帝把手中权力分别给了太监、内阁、六部、东厂、锦衣卫等，所以，明朝内阁权力依附皇权的事实不容置疑，也就不可能成为现代意义上的内阁政治制度，更不可能成为英日的内阁制度。这两者之间有个根本区别！