宇智波冬在加入暗部*根组织之后，与宇智波止水、宇智波鼬一起训练的机会明显少了许多，多数时间他都在志村团藏的指导下学习忍术、体术以及幻术的知识。
在体术上，他的进步飞速，令团藏都感到震惊的地步。
在幻术上，他拥有着不受幻术影响的特殊体质，哪怕是由志村团藏级别的忍者亲自施展幻术，也无法对他有效；同时，在幻术的掌握上，即便不使用写轮眼也能够轻松施展幻术。
而在忍术上，他的进步异常缓慢，仅仅停留在最基础的分身术、变身术、替身术等最基础的辅助忍术上面，至于木遁忍术，志村团藏给他找来了千手柱间的忍术卷轴，让他修习，结果，上面的忍术他却一个都没有掌握。
这份困扰不久之后就得到了解决，他在练习剑术的时候意外激发了忍术的效果，于是便以此为突破点，开发出了剑忍术。
通常情况下，忍术是需要体内的查克拉配合特定的结印施展的，而他却通过剑术与体内的查克拉配合而开发出了只有他能够使用的剑忍术。
在特定的剑招引导之下，施展特定的忍术，以此一举突破了在忍术方面的修行，而备受志村团藏所期待的木遁忍术，他也成功以剑忍术施展了出来。
除了这些与忍者相关的修炼之外，团藏还对他进行了“精神方面”的指导，灌输着黑暗中的正义，仁慈掌兵的三代目火影猿飞日斩的温和处世，无法将木叶从危难之中拯救，只会越陷越深。
身处根部的他，被团藏授权接触了许多核心机密，因为四代目的阵亡，周边各国开始频繁挑衅与试探木叶隐村的实力，作为表面盟友的风之国且不提，雷之国、水之国、土之国屡屡犯境，他的兄长宇智波止水不得不执行长期任务防范水之国雾隐村的挑衅。
猿飞日斩在处理与周边各国的事务上，选择了忍让态度，不但使得一些优秀忍者白送了性命，还要以和谈收手，明明进犯的是敌国，却选择了原谅与求和。
这些事情在志村团藏眼里根本就是丧权辱国，因此，他们必须做些什么来挽回损失与名誉。
作为一名孩童的宇智波冬虽然聪慧机智，却并没有建立完整的世界观与价值观，只能单方面地接受志村团藏灌输的暗之正确，为了维持木叶村的和平与安定，必须有人来承担黑暗，在黑暗中守护一切。
就这样，他在团藏的培养下来到了六岁。
在木叶忍者学校招募新生的这天，团藏将他叫到了面前。
【冬，在过去的半年中，你的实力突飞猛进，就连甲和乙他们都不是你的对手了，由你独创的剑忍术更是兼具了剑术与忍术的优势，可以在不结印的情况下发动忍术。
作为曾经在九尾动乱中立下功劳的年少英雄，你的存在一定备受关注。
所以，在接下来的时间，我会将你从根部中除名……】
“老师，为什么？”
听到这里，宇智波冬不禁惊诧了。
【融入光中的暗才更加隐蔽，久居黑暗之中，也会觉得阳光刺眼，所以你要成为我的眼睛，从现在起监视宇智波一族的动向，包括你的兄长宇智波止水。
去年九尾祸乱木叶，一定与宇智波脱不了关系，致使四代目阵亡的凶手正在宇智波一族之中潜伏着，什么时候发生更大规模的叛乱也未可知。
我会派人暗中与你联络的。
今年，你就进入忍者学校吧，并巧妙的发挥出你独有的秘术*剑忍术，照你的资质会破例允许你提前毕业，若有机会进入暗部，你也会成为老夫放在猿飞身边的眼睛。
温和作派的猿飞无法处理的一些事情，由根来做的话一定会有完全不同的结局，不能够再让他任性妄为了！】
志村团藏详细解释道。
他倒是很想继续留宇智波冬在身边，但是作为木叶的英雄突然销声匿迹引来了许多猜测与质疑，同时，在火影暗部中任职的旗木卡卡西不知道从何渠道知晓了他与大蛇丸会面的事情。
猿飞日斩联合两名木叶顾问向他发难，不希望宇智波镜的后辈遭受到不人道的实验。
“好的，老师，我明白了。”
宇智波冬认真的点头，如果没有志村团藏的全力协助，他也不会在忍者一途有神速的进步，尊师重道的理念，他还是铭记于心的。
【还有件事情，你必须谨记，唯独木遁忍术不允许你使用，在根中，知晓这件事情的人也寥寥无几，绝不能够让人知道你拥有这等血继限界。
木遁是压制九尾的利器，比写轮眼还要优异，随着九尾人柱力逐渐长大，维护村子稳定与和平的责任也就落到了你的身上。
因此，若是被心怀不轨的人知道，一定会试图对你不利，无论是木叶还是其它的忍者村。】
志村团藏在这一刻张开左眼的独眼，严正其辞地说道。
“弟子谨遵师命便是。”
宇智波冬认真记下。
【好了，一会儿便会有暗部的人来将你带走，万不可轻信了三代目的温仁敦厚。】
志村团藏说着看向了外面，有人已经不请自来了。
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离开根之后，宇智波冬在阔别数月的宇智波街道上走了起来，应该说是新建的宇智波街道。
“冬！你终于回来了。”
宇智波鼬在父亲宇智波富岳的陪同下，亲自来到街道上欢迎宇智波冬的归来。
刚开始，宇智波冬还会和他一起训练，后来就彻底找不到人影了，现在总算可以放心下来了。
“富岳大人，非常感谢您所做的努力。”
宇智波冬朝着宇智波富岳鞠躬道。
“嗯，经历了这一难，你的心性也比以前更加成熟了，也不枉我所做的努力，无论在哪里，只要你是一族之人，就不会被抛弃，现今的宇智波更加需要团结精神！”
宇智波富岳伸出手臂温和的轻抚宇智波冬的脑袋。
“可恶，连一个五岁的小孩子也会被怀疑！村子高层到底怎么想的！”
“就是，如果当初让我们警务部队也参与救援的话，宇智波就会成为木叶的英雄一族！”
“小冬，你就不应该拼命救那些人，得救的他们还朝我们指指点点，还说什么你和我们不一样！”
“……”
很快，站在宇智波富岳身边的族人们便诉起苦水来。
“你们注意下言辞，小心别被人听到，话到传到三代目那里，我又要被叫去询问了。”
宇智波富岳这样说着，但他的声音反而盖过了众人。
“……”
作为一名孩童的宇智波冬只是抱以天真的微笑，心底下却对宇智波富岳有了猜忌。
虽然还无法找出操纵九尾祸乱村子的罪魁祸首，但是宇智波族长的发言让他有种无法信任的感觉。
不仅是宇智波富岳，多数宇智波族人也对村子心存不满。
作为木叶的名门大族，宇智波一旦引发叛乱，后果将是极其惨痛的，必须多加留意。