之后的一段时间，沈飞经常进宫站岗旁听，崇祯再抽空和他单独交流，用这种方式了解情况比崇祯时不是溜出来告诉沈飞发生的事情效率高多了，只有一些崇祯召集内阁开会这种最高级别的机密会议沈飞不会在现场，只是安排在门外站岗，也足够听清楚会议内容了。
钱谦益虽然大朝会中站到了一向看他不顺眼，要整他的温体仁一边，不过这也只表现了钱谦益性格中的圆滑，见风使舵、随机应变的一面，还有他的观念中也不像刘宗周和黄道周那样固执，观念和性格多少都有些关系。
总之钱谦益现在还算不上崇祯的自己人，顶多是一个可以拉拢团结的对象，这次去南方的任务算是对他的一次考验，干得好才会真正重用。所以任用以前还是要先敲打一下，有所控制的。
钱谦益曾经卷入过钱千秋辛酉乡试科场案，大致过程是金保元和徐时敏两个骗子，谎称和主考有亲戚交情，只要给他们立下两千两银子的欠条，在试卷上写上文字暗号保证能录取，果然有个叫钱千秋的秀才上当照办，不过钱千秋的试卷被副主考录取了，消息传出来，钱千秋知道和主考官无关，明白上了当，和那两个骗子起了争执，事情就传开泄露了。
那次乡试钱谦益是主考官，自然也被牵连其中，上次钱谦益上疏自辩，说副主考本来录取钱千秋第二名，他重新阅卷后降为第四名，后来知道钱千秋曾参与作弊后首先上疏揭发要求惩处钱千秋，那次虽然引起温体仁强烈不满，借题发挥想把钱谦益整下去，不过钱谦益还是过了关。
这次崇祯会见钱谦益时旧案重提，等于让钱谦益又心惊胆战地说明了一下整个案件的过程又自辩了一回。敲打过后，崇祯正式提出让钱谦益担任南直隶巡抚，巡查江南落实战时政策的情况，包括各地建立课税提举司、宣化司、科举改革、人口普查、编选训练民兵各种事情。
崇祯也明确告诉钱谦益会让汪汝淳假扮幕僚和他一起去，任命汪汝淳为钦差特使，持尚方宝剑，如果意见不一致，就由汪汝淳最后决定。分歧太大时，汪汝淳可以亮明钦差身份弹压一方，不过希望事情尽量不要恶化到那种地步。另外再让锦衣卫指挥佥事王世德带三千精锐随他们一起去，应该能万无一失了。
以钱谦益的精明，不会不明白崇祯的意思。他这个南直隶巡抚实际上就是个傀儡，如果事情没有办好，自然会有汪汝淳和王世德出面。崇祯是既要利用他在南方士林的人脉和影响力，又要防止他不听话进行控制，不过只要他这次能真正把事情办好，就能真正获得崇祯的信任和重用。当即表态这么安排崇祯放心、他自己也安心。
崇祯又交代他除了这个任务，还会顺便派凌蒙初去金陵请刻印名家胡正言和吴发祥到北京来，准备制作新版宝钞。为了防止宝钞再迅速贬值，打算在江南试点开办官营钱庄，方便发行后的崇祯宝钞和银两兑换，这些事情也可以顺便办一下，钱谦益逐条记下。崇祯和沈飞通过气，初期为了维持信用，可以让新版崇祯宝钞到钱庄和白银兑换，等货币信用建立了赶来，可以考虑和白银适度脱钩。
这么重要的任命，肯定要和内阁通气，尤其是一向看钱谦益不顺眼的温体仁，不能瞒着他。下午崇祯就在文华殿召集陈仁锡、徐光启、温体仁、周延儒等人在文华殿开会，说了对钱谦益的任命。温体仁果然反应激烈，坚决反对任用钱谦益。
温体仁提出辛酉科场案时，案情早就已经因为钱千秋和骗子争执传开了，肯定也传到了科道言官那里。明朝的科道言官一向是跟疯狗一样，官员稍微有点失误就会被往死里弹劾，捕风捉影甚至任空捏造。可是对钱谦益涉及的这个科场案，所有言官都装聋作哑，没有一个借此攻击钱谦益，静等钱谦益上疏自辩。
温体仁说最严重的问题不是科场案，是钱谦益在言官中的这种影响力，居然能让言官集体保持沉默，这是严嵩、张居正都办不到的事情。因此温体仁判断钱谦益是比严嵩还厉害的“盖世神奸”，加上这次钱谦益没有和其他东林中人站在一边，更是被温体仁攻击诈伪善变。
崇祯表示钱谦益虽然性格比较油滑，可是如果只能用性格既刚硬，又完全支持崇祯实行战时新政的人，世界上恐怕找不出几个这样的人，用人只要用他们长处，避免缺点就行了。这个观点沈飞还是同意的，就是像钱谦益这样人缘较好的人才能去南直隶巡查落实新政，如果是像温体仁，甚至魏忠贤派出去的人，恐怕一到南方就是被围攻驱逐甚至打死，天启年间《五人墓碑记》事件就要重演了，更别说还能办成什么事了。
温体仁还是表示反对，说如果只是钱谦益一个人，当然可以这样任用。不过明朝朋党习气已经滋生蔓年了一百多年，根深蒂固，现在虽然被崇祯用雷霆手段暂时震慑住了，但是像钱谦益这些在言官中树大根深，人脉深广的人，一旦委以重任，言官就会聚拢他的手下，在他保护下卷土重来。又会声势浩大地聚集攻击一切不同意见者和干实事的官员，形成成事不足败事有余的拖后腿舆论风气。那时就算还有一两个愿意干实事的人，也会在众口攻击之下一事无成。现在新政刚开始没有多久，必须保持警惕、防微杜渐，这个口子绝对不能开。
沈飞听出来了，崇祯之前的判断没错。温体仁针对的不是钱谦益一个人，是他在整个东林和言官中的影响力，担心言官裹胁舆论钳制崇祯和每一个想办实事的官员的恐怖威力，历史上明末的情况越来越坏，陷入泥潭一样难以脱身，纵使有不少忠诚又才干突出的官员也一个个失败，难以挽回局势也正是温体仁说的这个原因。
不过正如温体仁之前说的，现在最固执的一批人已经被送到了东江镇，剩下的有异议的人也已经被暂时震住，掀不起大风浪来了，崇祯还是没有认同温体仁的观点。崇祯表示他明白言官掀起舆论的效果，不过如果按温体仁的意思，不能用的人就太多了。那同样官绅又要分成各个派别营垒开撕，反而又要陷入朋党内耗的局面中了，现在他用人只看能不能办实事，能办就可以用。强行否决了温体仁的意见，拍板把事情定了下来。
温体仁的性格和作风其实有些他坚决反对的黄道周、刘宗周等东林中的顽固分子，也有些偏狭僵硬。只是那些人把不是东林中人都视为敌人，“凡是不是东林的人统统不能任用”，温体仁则是正好相反，主张“凡是东林中人统统不能任用”，立场虽然相反，态度其实很像，直这么实行，效果其实也差不多。
事情定下来以后，钱谦益和汪汝淳、王世德、凌蒙初会在第二天出发，崇祯之后又会见了沈飞。沈飞说：“有些事情要在趁着还在战时状态之中赶紧先开展，比如提高女性地位。现在风气虽然已经比较开放了，但是女性为官出任公职毕竟还是很少，这一条倒我的江湖司走在了前面，现在已经有五毒教的何红药和蒋发的师姐王薇两个人了，将来何铁手武功有成也不会比她们差”。
崇祯说：“文化上才女还是南方的多一些，等钱谦益他们南下工作有了成效以后再推行。武艺军事方面，北京城民兵组建我想让田贵妃参与，可以起到表率作用，我也曾答应过她让大明女子也有建功立业的机会”。
沈飞说“我传给你和江湖司人物的武功你可以在随便推广，我们夫妻离开这个世界之前会把所有武功给你一份，至于怎么划分武功等级，什么人有资格学什么层次的武功就由你决定了，桃花岛的武功形态优美，适合女性修炼，我先给你一份”。
提出这个问题之前，沈飞就已经有了思路和准备，把桃花岛武功中的兰花拂穴手、玉箫剑法、劈空掌、奇门五传等几门武功整理成的典籍交给了崇祯，另外还有传给江湖司众人的几门武功也不管高深还是初级都一样给了崇祯一份。
沈飞又说：“很多方面的变革已经开展了，唯独医学方面还没有组织起力量，你是不是对中医不够重视？我在前面几个世界也研习中医药，配制过一些药物，也搜集了一些药材。除了续命八丸，还是《碧血剑》小说里提到过的伏苓首乌丸、《鹿鼎记》小说里提到过的雪参玉蟾丸、豹胎易筋丸、《飞狐外传》里提到过的生生造化丹这些增加生命力、疗伤和加强身体素质的丹药我都有了配制的思路，只是效果不知道和原版相比怎么样。如果能聚集一批医药学专家来一起研究或许效果能更好”。
崇祯说：“我对中医确实不太了解，只是按照我熟悉的天文数学物理等学科召集人才，这方面确实忽视了。研究医药学也属于格物穷理的一种，找几个名医进入翰林院格理学院。另外对发明了人痘接种法预防天花的江希舜封一个侯爵，大力推广，毕竟这是功德无量的事情”。
人痘接种法预防天花的事情沈飞也了解一些，宋朝时就有中医用以毒攻毒的办法，把痊愈后的天花患者身上的痂皮研成粉末，吹进健康儿童的鼻子里简单预防天花，到明朝隆庆年间又发明了“宁国府太平痘苗”的并且从江西传播开来，清初又推广到了浙江。后来又逐渐传播到了北京，还有有不完整版流传到了国外，后来在这个基础上产生了英国琴纳的牛痘接种技术。
沈飞说：“我听说人痘接种技术是在隆庆年间发明的，那时候江希舜还没有出生吧”？
崇祯说：“人痘接种技术确实起源于隆庆年间，不过最初发明者是谁已经难以考证了。江希舜至少是改进者之一，而且可以确定还在世。清初康熙二十二年傅商霖对黄百家讲述的，从他曾祖父傅思川、祖父傅岐山开始就以种痘技术闻名，按年代推算也确实是在隆庆到万历年间，估计傅岐山应该还在世。封其中一个爵位就是一个象征，或者两个人都封伯爵，一起找来主持推广人痘接种技术”。
沈飞说：“中医也不只是人痘种植技术一项，可以组织人手编一部满清乾隆时官方《医宗金鉴》那样的书，也能共同研究改良一下我手里的一些药方。傅青主是在妻子去世以后才开始学医的。张景岳现在医术已成，可以把他找来。他是世袭军官出身，参加过万历朝鲜战争，把中医理论和军事理论结合在了一起，或许更能促进中医军事需要，历史上张景岳1640年去世，可以把‘续命八丸’给他一颗，药方也让他研究一下，喻嘉言现在应该就在国子监，历史上是过几年弃官从医，现可以就调他转专业”。