登基和大清洗期间，开始了军政整顿，首先当然是抓枪杆子，赵构南宋能立住主要就是重建了三衙禁军和财政体系，在这三个月中，首先以教导连为教官，首先把皇城司5000人操练了一遍。皇城司虽然负有情报刺探职能，但是编制是禁军，还是由最精锐的禁军组成，主要任务是皇宫安全。
之后是训练三衙禁军，按《碧血剑》世界阎应元整顿京营的办法，以要调防到前线为威胁，清退大部分混日子的无赖，又分别调到四川、荆湖和两淮前线部分，保留了大概四万还过得去的开始狠狠操练。整顿军纪是少不了的，岳家军的“冻死不拆屋、饿死不掳掠”是基本要求，还处理了一部分违纪官兵杀鸡儆猴，这其中就有夏贵。
夏贵在历史上前期对战蒙古还是有不少战果的，只是晚节不保，丁家州之战先是逃跑，后来干脆投降，不过这个世界十多年后他儿子是个超级二世祖，现在提前把他免职了，理由是现成的，鄂州之战他战败了，历史记载他就是害怕被追究责任丁家州才先逃的。这是对军队的敲打，不是追封了一大批有战功的先辈从此军队就可以为所欲为了。
还确立了一条法律，以后严禁罪犯充军，军队从良家子中选拔。对已经充入军中的罪犯一律清退，安排到修桥铺路开矿盖房需要劳动力的地方去。除非是立有战功的，才清除罪犯身份保留军籍，凡是参加过合州之战、鄂州之战的士兵一律视为有军功，就成了军中最后一批“前罪犯”，从此“贼配军”不仅不是耻辱，还成了有战功的荣誉证明。
教导连100人、皇城司选了200人，其中内侍禁军各半，尚书内省88名在编女官普及修炼全本《神足经》，严禁他们泄露外传，《神足经》只增长内力，强化身体素质，武功上太监女官修炼《葵花玉女经》和辟邪剑法，禁军练习《浩然正气诀》、修罗灭世刀和少林绝技龙爪手、大金刚拳加丐帮赶路轻功。
这第一批班底全部每人一瓶五宝花密酒，药酒积累最多是初版15年份和45年份的加强版，分别有1000多瓶和5000多瓶。增加功力的药酒和纯阳丹全军配发不可能，但是培养出一批亲信还是可以的，这不仅是福利，也是速成一批马上能干活的人。
之后是整顿经济，宋朝的纸币是世界金融史上划时代的发明，为了防伪刻印了精美的花纹和死刑的严厉处罚，并且有流通时限，过期作废，不过普通百姓还是难以分辨，就发明新版“宝钞”，规定以前的会子到期后成为唯一流通的纸币，用《碧血剑》世界获得万历后期发明适合古代的“饾版拱花”水印技术印制，防伪一目了然。
货币发行要稳定主要还是要有充足的准备金和货物，为此还专门穿越回《战狼2》世界，注册了一个贸易公司，干起了时空倒爷，把各个世界很容易获得的名贵木材、中药、水产之类卖掉，像黄花梨、紫檀木、红木家具、茶叶、各类玉石这些可以走拍卖流程，反正不急，购入白银、黄铜、粮食作为空间物资的后备。
整顿军器监，严厉处置了一批蛀虫，提拔经验丰富的工匠制造质量过硬的兵器、火器、盔甲，把黑火药最佳配方告诉了他们，这批人全部以三尸脑神丹控制，并且规定泄露出去按通敌灭满门，军工基地驻军守卫，进入需要验证身份，其他人打探消息以间谍论处。
另外一个亟待解决的问题就是贾似道发明的“公田法”，有些官员见贾似道靠山没了，想趁机攻击他废掉公田法，被沈飞狠狠训斥了一顿，处于大战中，前线将士在拼命抵挡鞑子，后方过安稳日子的人连点田产都不愿意出，称这些人“亡国大夫”，骂了个狗血淋头，还祭出了对土地的大杀器：全部官营。
公田法和打算法一个针对文官，一个针对武将，前者是官方发行纸币“购买”民间田产，虽然不至于像金元券，但是跌二十多倍是有的，打算法就是抓一批贪污的抄家，都是财政紧张逼出来的操作。除了贾似道自己献出了一万亩作样子，倒霉的基本上是中小地主。虽然贴补了财政，执行上的不公平引起叫苦连天，打算法整死了一批武将以外更是闹出了刘整投敌事件。
沈飞的办法是不动土地所有权，只是经营权全部官府强制收回，原来的所有者只等地土地产出分一笔红就行了，宋朝已经普及占城稻，加上各种新的高产粮食和经济作物种植下去，收获以后所有者分红不会比以前出租少。葛金芳从一些碑文统计宋代田租市场价格最高五成，这是连农具、耕牛都是出租者提供的租金，这些由承租者自理会更低，恐怕是明代三成差不多。
这其实是明末张献忠义子孙可望的“大西”政权在云南实行的营庄制，由官方充当经营土地的经理人，由退役的普及了“心意把”武功的前军人充当各地管庄，并且向农民传授“心意把”，农武合一，恢复农闲练兵的府兵制，提纯硝、硫、炭黑火药原料也交给官营农庄，定期由军器监收购配制成各种黑火药武器。
这种措施当然免不了有一些阻力，不过大部分农民是支持的，强硬的态度和手段下，所有阻挠者都成了南方无敌鸳鸯阵的练兵对象，清剿安上几条罪名免职抄家流放，收拾掉几个出头鸟后就很顺利推行了下去，还分流了一部分退伍军人。
这么干沈飞有一点担心，就是耽误城市化进程。古代实行府兵制的北魏到隋唐中期是商业相对不发达时期，现代苏联农业集体化从农业取得贡赋后投资到城市工厂飞速扩张，很快就安排农民进城居住和工作，伴随着大规模城市化，而中国实行集体农业后，“精简下放”、“上山下乡”都是人口以千万计的反城市化，必须引起警惕，城市工商、娱乐产业也要大力扶持发展。
要建立军事动员体系还有些配套的工作，首要当然是人口普查，基本数据是知道的，历史上五年以后1264年有过一次人口统计，户，不过宋代平均每户人口只有2到3人，一般研究认为只是“纳税人”，其他人口不加入统计，葛剑雄估算这一时期人口在5800万到6400万之间，但是还是要普查一遍，算是把5年后的工作提前做了，还调查人口的职业、文化水平。
第二是变革南宋法律体系，提高佃户的法律地位。明代佃户法律地位和出租方是平等的，反而是雇佣工人有些类似奴仆式的“人身依附”，而宋代民间诉讼有“先别尊卑、再分曲直”的惯例，这不仅不公平，还隐匿了人口，宋代的佃仆佃客和农奴无异，有留存到现代的法律文书名义上是买卖土地，实际上是交易依附于这些土地上的人口，当然要进行这种掩饰，肯定是不合法的，也容易整顿，把先别尊卑这一条去掉，清查非法交易就行了。
随后是变革科举内容，建立从中央到地方各级军校，促成科举文武合一，把格斗、射箭、兵法、练民兵演习列入科举测试内容。兵法包括守城知识，战区即使行政文官也需要考察带兵守城能力，不合格者撤换，战争时如果文官弃城而逃严厉处罚，之前合州之战、鄂州之战也有脱逃的文官，全部砍了抄家，确立“不死于战，既死于法”的规则。
宣传合州大战时沈飞把全城军民和山水地形纳入一个九宫幻方中，以数学指挥作战最终取得大捷，说明数学的重要性，在太学和科举中把数学设为必修课目，让息风、霁雨、止雪、拂霜前去教授阿拉伯数字数学符合体系，推广复式记帐法、线性规划节省原料的开销，把理学理论升级到明代中期罗钦顺、王廷相的水平。
建立初步的宣传机构，外庭官员搜集蒙古西侵和灭金屠戮历史，点出金国治下大部分是南渡后被抛弃的汉人。宫内则由王翠翘组织演员编演五胡乱华、金国和蒙古入侵是抗击戏曲，宋代皇宫里就有教坊专门艺术团体，赵昀时杨太后就是为后妃艺术表演的“则剧孩儿”出身，第一部曲目以冯梦龙《精忠旗》为底本稍作修改，首演后联系民间戏班开始在临安城中演出。
这些计划方案形成并初步实施时，派去“连结河朔”的梁天德、张经回来了，张经带回来了二十六个“陕南六寨”幸存者和交好的江湖人物，全部收入三衙禁军。梁天德带回来了他在华山的邻居几家子，有女真人后裔，还有两户蒙古人，不知道是不是《昆仑》里随梁萧参加元军和伪军的那几个狐朋狗友的父辈，不过现在他们注定只能是小人物了。
合州大败，蒙哥和所有名将十几万大军几乎全军覆没的消息传到陕西，蒙古人也产生了恐慌情绪，听说南下有好的生计，梁天德又出高价买下了他们的所有马匹，提了示范作用，就跟着一众邻居一起来了，这也不奇怪，记得后来土土哈介绍他父亲原来是钦察汗国的人，万里迢迢走到陕西就是想过安稳日子的，不想承担风险。
只要让他们在南方生活一段时间，点亮了他们抢劫以外的其他谋生技能，破除了不入在河里洗手洗澡、洗衣晾晒，误认为这样会引来电闪雷呜触怒神灵之类的迷信，自然可以把他们和那些生活在草原上的蒙古兵区别开来，正好第一批合州的蒙古俘虏三千多人也运送回来了，选出10人加入军事情报部门枢密院速机房，把他们打散了全都安排进各地官营农庄。
和梁天德一起回来的还有华山玄音道长和他的三个弟子，羽清羽灵和刚收下的了情（林慧心），了情已经收养了哑儿，他们属于全真派，安排玄音道长主持杭州玉皇山福星道院，给了他和了情各一瓶五宝花蜜酒和全套全真、华山派内外武功，相当于暗中收服建立了一个江湖门派。